طبق اطلاع نجاشي (ص 265)، ابو القاسم کوفي، محدث و عالم و متکلم برجسته امامی در سده چهارم قمری کتابی داشته با عنوان کتاب التبديل والتحريف. احتمالا اين کتاب برخلاف آنچه گاهی برخی نويسندگان پنداشته اند درباره عقيده تحريف قرآن و روايات مؤيد آن نبوده بلکه درباره تحريف معنوی و رد بر تفاسير غلط از قرآن بوده. روايتی که ابن شهرآشوب در مناقب از اين کتاب درباره مواجهه امام حسن عسکری (ع) با اصحاب يعقوب بن اسحاق کندي، فيلسوف معروف عرب تبار مسلمان و معاصر آن امام نقل می کند مؤيد اين مطلب است. در اين روايت گفته شده که کندی در حال تأليف کتابی درباره تناقض های قرآن بود و امام با تذکری به شاگردان او کندی را از پيگيری نوشتن اين کتاب باز داشت. اينکه اين روايت ريشه در واقعيت دارد را نمی توان با قطع گفت. به ويژه اينکه مرگ کندی تقريبا مصادف است با اوائل امامت حضرت امام حسن بن علي العسکری (ع). اما آنچه بايد گفت اين است که طبعا بسيار بعيد است که کندي، فيلسوفی مسلمان و مؤمن به قرآن قصد داشته کتابی درباره تناقض های قرآن بنويسد. در واقع کتاب او درباره فهم های متناقض از قرآن بوده و شايد قصدش اثبات اين باور که بدون عقل فلسفی نمی توان درباره فهم های متناقض از قرآن به نتيجه و حقيقتی دست يافت. امام طبق اين روايت به او متذکر می شود که نبايد فهم های خطا از کلام خدا را به خداوند نسبت داد و حجيت قرآن با اين فهم های غلط خدشه دار نمی شود. در واقع حجت در خود کلام خداوند است و نه در فهم از قرآن. متکلمان شيعی معتقد هستند که در صورت اختلاف در فهم قرآن در آيات مرتبط با تکليف شرعی تنها کلام امام معصوم حجت و رافع اختلاف است. استناد ابوالقاسم کوفي به اين روايت احتمالا نشان دهنده اين است که منظور او از "تبديل و تحريف" تنها تبديل و تحريف معنوی است و نه تحريف در لفظ قرآن. روايت ابو القاسم کوفي بر اين قرار است:

أَبُو الْقَاسِمِ الْكُوفِيُّ فِي كِتَابِ التَّبْدِيلِ أَنَّ إِسْحَاقَ (کذا: يعقوب بن اسحاق) الْكِنْدِيَّ كَانَ فَيْلَسُوفَ الْعِرَاقِ فِي زَمَانِهِ أَخَذَ فِي تَأْلِيفِ [في] تَنَاقُضِ الْقُرْآنِ وَشَغَلَ نَفْسَهُ بِذَلِكَ وَتَفَرَّدَ بِهِ فِي مَنْزِلِهِ وَأَنَّ بَعْضَ تَلَامِذَتِهِ دَخَلَ يَوْماً عَلَى الْإِمَامِ الْحَسَنِ الْعَسْكَرِيِّ فَقَالَ لَهُ أَبُو مُحَمَّدٍ ع أَ مَا فِيكُمْ رَجُلٌ رَشِيدٌ يَرْدَعُ أُسْتَاذَكُمْ الْكِنْدِيَّ عَمَّا أَخَذَ فِيهِ مِنْ تَشَاغُلِهِ بِالْقُرْآنِ فَقَالَ التَّلْمِيذُ نَحْنُ مِنْ تَلَامِذَتِهِ كَيْفَ يَجُوزُ مِنَّا الِاعْتِرَاضُ عَلَيْهِ فِي هَذَا أَوْ فِي غَيْرِهِ فَقَالَ لَهُ أَبُو مُحَمَّدٍ أَ تُؤَدِّي إِلَيْهِ مَا أُلْقِيهِ إِلَيْكَ قَالَ نَعَمْ قَالَ فَصِرْ إِلَيْهِ وَتَلَطَّفْ فِي مُؤَانَسَتِهِ وَمَعُونَتِهِ عَلَى مَا هُوَ بِسَبِيلِهِ فَإِذَا وَقَعَتِ الْأُنْسَةُ فِي ذَلِكَ فَقُلْ قَدْ حَضَرَتْنِي مَسْأَلَةٌ أَسْأَلُكَ عَنْهَا فَإِنَّهُ يَسْتَدْعِي ذَلِكَ مِنْكَ فَقُلْ لَهُ إِنْ أَتَاكَ هَذَا الْمُتَكَلِّمُ بِهَذَا الْقُرْآنِ هَلْ يَجُوزُ أَنْ يَكُونَ مُرَادُهُ بِمَا تَكَلَّمَ مِنْهُ غَيْرَ الْمَعَانِي الَّتِي قَدْ ظَنَنْتَهَا أَنَّكَ ذَهَبْتَ إِلَيْهَا فَإِنَّهُ سَيَقُولُ لَكَ إِنَّهُ مِنَ الْجَائِزِ لِأَنَّهُ رَجُلٌ يَفْهَمُ إِذَا سَمِعَ فَإِذَا أَوْجَبَ ذَلِكَ فَقُلْ لَهُ فَمَا يُدْرِيكَ لَعَلَّهُ قَدْ أَرَادَ غَيْرَ الَّذِي ذَهَبْتَ أَنْتَ إِلَيْهِ فَيَكُونُ وَاضِعاً لِغَيْرِ مَعَانِيهِ فَصَارَ الرَّجُلُ إِلَى الْكِنْدِيِّ وَتَلَطَّفَ إِلَى أَنْ أَلْقَى عَلَيْهِ هَذِهِ الْمَسْأَلَةَ فَقَالَ لَهُ أَعِدْ عَلَيَّ فَأَعَادَ عَلَيْهِ فَتَفَكَّرَ فِي نَفْسِهِ وَرَأَى ذَلِكَ مُحْتَمَلًا فِي اللُّغَةِ وَسَائِغاً فِي النَّظَرِ فَقَالَ أَقْسَمْتُ إِلَيْكَ إِلَّا أَخْبَرْتَنِي مِنْ أَيْنَ لَكَ فَقَالَ إِنَّهُ شَيْءٌ عَرَضَ بِقَلْبِي فَأَوْرَدْتُهُ عَلَيْكَ فَقَالَ كَلَّا مَا مِثْلُكَ مَنِ اهْتَدَى إِلَى هَذَا وَلَا مَنْ بَلَغَ هَذِهِ الْمَنْزِلَةَ فَعَرِّفْنِي مِنْ أَيْنَ لَكَ هَذَا فَقَالَ أَمَرَنِي بِهِ أَبُو مُحَمَّدٍ فَقَالَ الْآنَ جِئْتَ بِهِ وَمَا كَانَ لِيَخْرُجَ مِثْلُ هَذَا إِلَّا مِنْ ذَلِكَ الْبَيْتِ ثُمَّ إِنَّهُ دَعَا بِالنَّارِ وَأَحْرَقَ جَمِيعَ مَا كَانَ أَلَّفَهُ (نک: المناقب، ج ٤، ابن شهر آشوب، ص ٤٢٤).