حدود صد و پنجاه سال آغازين دوران اسلامی دوران جنگ ها و نزاع ها و انواع معارضه های سياسی و مذهبی و اعتقادی در ميان گروه های مختلف و ميان دولت خلافت و معارضان آن بود. خيلی از این اختلافات به موضوع امامت و خلافت و جانشینی پيامبر (ص) باز می گشت. اين را شهرستانی هم در مقدمه ملل و نحل خود متذکر شده. برخی از محققين جديد معتقدند از آنجا که اين دوران در عين حال دوران "تدوين" هم هست بنابراين تدوين و تثبيت منابع مقدس دينی و از جمله قرآن و حديث و سنت و سيره پيامبر و سیره امت اسلامی و تثبيت باورهای دينی نمی تواند برکنار از اين نزاع ها باشد. اين سخن درستی است. حديث در چنين فضایی توليد و انتشار يافت و تدوين شد و اختلافات احادیث که بعدها مجال بحث های نظری فقیهان و اصولیان و متکلمان شد ریشه در همين مسئله دارد. آنهایی هم که با حجيت خبر واحد مخالف بودند نظری هم به این مسئله داشتند. با اين وصف آيا قرآن و تدوين مصحف شريف هم زمينه و مجالی برای انعکاس اين نزاع ها بوده؟ برخی از اسلامشناسان غربی بر اين باورند. بدين ترتيب آنها قرآن را خارج از قاعده کلی بالا نمی بینند. اما واقعيت تاريخی چيز ديگری می گويد: نزاع ها در دو قرن نخست و به ويژه در دوران بنی اميه بسیار سخت و در همه ابعاد میان طیف های مختلف وجود داشت. "جماعت" های مختلف هر کدام تنها مشروعيت دينی خود را قبول داشتند و ديگران را بيرون از آن مشروعيت می پنداشتند. در فضای آخر الزمانی انديشانه صد سال نخست هر گروهی خود را تنها مصداق "جماعت الله" می دانست و ديگران را خارج از هدايت. اين بود معنای ولايت و برائت در ميان فرقه های مختلف مذهبی. اين تنها مخصوص خوارج نبود. بقيه گروه ها و جماعت های مذهبی هم در ميان خود با همين مسئله روبرو بودند. دعوای اصلی البته در سطح سياسی ميان خلافت اموی و معارضان سیاسی آنان در جريان بود. امويان تلاش می کردند جريان "تدوين" را به دست بگيرند. در همين چارچوب نه تنها تدوين رسمی حديث و سنت و سيره با ابتکار و هدايت آنها جريان داشت بلکه امويان، و به ويژه در عصر عبدالملک بن مروان تلاش های مختلفی برای تدوين مصحف رسمی قرآن به عمل آوردند. مخالفان امويان و از جمله شيعيان و خوارج هم در کار تدوين حديث و منابع مذهبی خود بودند. با اين وصف جز چند گزارش بسيار حاشيه ای درباره قرآن و اختلاف مصاحف برخی از صحابه با مصحف عثمان و نمونه هایی از اين دست می بينيم که هيچگاه مخالفان خلافت راشدين و دستگاه خلافت اموی، آنان را متهم به دستکاری در کتاب خدا نکردند و تلاشی هم برای تدوين قرآن هایی مخالف با مصحف رسمی صورت نگرفت. اين در حالی است که مجال اين نوع اختلافات و نزاع ها در ادبیات حديث در دوره اموی خود را نشان داد. مخالفان امویان با وجود سرکوب ها با اين وصف توانستند گفتمان خود را به عنوان گفتمان های بدیل حفظ کنند و ارائه دهند. از همان دوران ادبياتی مهم از این گفتمان های بدیل در دست است. اين گفتمان ها روی تفاوت "سنت" و "سيره" دست می گذاشتند. نزاع های مذهبی نه روی اصل متن قرآن که بر تأويل آن استوار بود. در اين چارچوب اختلافات بر سر "ناسخ و منسوخ" قرآن، محکمات و متشابهات قرآن و اختلاف قرائات و مصاحف قرانی بود اما نزاعی در اصل قرآن و تماميت آن وجود نداشت (آنچه به برخی شيعيان درباره تحريف قرآن نسبت داده شده، يا اصل اتهام و يا باور بدان مربوط به دوره های بعدی است و ربطی به دو قرن نخستين ندارد).

تأکيد بر وجود نزاع های خونين در دوران امويان برخلاف نظر برخی از اسلامشناسان غربی به جای اينکه نشانگر اين باشد که بنابراين قرآن از آسیب تحريف و دستکاری بر امان نبوده، نشان می دهد که اتفاقا قرآن و متن قرآنی از چنان اجماعی در ميان مسلمانان برخوردار بود که اختلافات و نزاع های سياسی و دينی خونين دوران اموی و اوائل عباسی نتوانست بر تماميت آن و اجماع بر سر آن خدشه ای وارد کند.