محقق طوسی مهمترين شارح ابن سيناست. درک ما از ابن سينا تا اندازه زيادی مرهون شرح اوست بر اشارات. نقدهای او بر فخر رازي جانی تازه به فلسفه سينوی داد و همه شارحان بعدی ابن سينا تا اندازه بسيار زيادی بر شرح او تکيه کرده اند. او علاوه بر مقام بلندی که به عنوان شارح ابن سينا دارد نقدهای مهم نيز بر او دارد و در موضوعات بسيار مهمی ابتکارات جديد و آرای ممتازی ارائه داده است. بخشی از اين آرای جديد مرهون تخصص او در دانش کلام است که به ويژه در نقد المحصل و در تجريد خود را نشان داده. او در مصارعة المصارعة هم نه تنها شهرستانی را که ناقد ابن سينا بود با قدرت علمی اش مورد انتقاد قرار داد بلکه آرای جديدی هم در اين کتاب مطرح کرد. علاوه بر همه اينها اهميت خواجه طوسي در اين است که او گاه تقريراتی از نطريات ابن سينا دارد که در فهم برخی از آرای مبهم او مثلا در بحث وجود و ماهيت و يا معقولات ثانيه فلسفی کمک می کند. با همه اين اوصاف در دنيای تحقيقات مرتبط با فلسفه اسلامی چه در غرب و چه در جهان اسلام و ايران که خانه خواجه طوسی است (هم به دليل امامی مذهب بودنش. در اينکه او هيچگاه اسماعيلی نشد ترديدی نيست. اينکه گفته می شود او زمانی مذهب اسماعيلی را پذيرفت مطلقا مستند قابل اعتنایی ندارد؛ و چه از لحاظ ايرانی بودن و طوسی و خراسانی بودنش) تاکنون پژوهش چندانی درباره آرای فلسفی و کلامی او صورت نگرفته. در سال های اخير اهتمام به فلسفه و کلام فخر رازي فزونی گرفته اما نسبت به خواجه هنوز کار مهمی منتشر نشده. يکی از مهمترين کارها بررسی منابع انديشه فلسفی او و همچنين منابع شرح الاشارات اوست. برای اين کار مقايسه شرح او بر اشارات با دو سه شرحی که از دوران ماقبل خواجه در اختيار داريم بسيار مهم و ضروری است.

در مقايسه با تعدادی ديگر از فيلسوفان طراز اول اسلام خواجه طوسی مورد عفلت قرار گرفته است.