درست روشن نیست سید جمال کجا و نزد کی فلسفه و منطق خوانده بوده. روایت های نه چندان قابل اعتمادی در این زمینه البته در دست است منتهی آنچه مسلم است او بر فلسفه سینوی و حکمت اشراق مسلط بوده و این چیزی نبوده که هر جا و در هر حوزه ای قابل تحصیل بوده باشد. من بعید نمی دانم این روایت درست باشد که او مدتی را در طهران در ایام تحصیل، درس خوانده باشد، زمانی که در عصر قاجار چنانکه می دانیم حکمت و عرفان ابن عربی تدریس می شد. هر چه هست می دانیم که در مصر محمد عبده نزد او علوم ریاضی و منطق و کلام و فلسفه و حکمت و تصوف خوانده بود. چند کتابی که از محمد عبده در این زمینه ها باقی است حتی اگر نظر سید هادی خسروشاهی را قبول نکنیم که این نوشته ها تألیف سید جمال است تردیدی نیست که تحت تأثیر درس های سید جمال نوشته شده و با الهام از اندیشه های او صورت تحریر یافته است، چیزی شبیه تقریرات درسی سید جمال به وسیله محمد عبده. از متن این کتاب ها تبحر سید جمال در فلسفه و عرفان روشن است. رساله توحید محمد عبده با این نوع نوشته های حکمی او تفاوت هایی دارد و این به سبب همین است که نوشته های دسته اخیر محصول درس های سید جمال است. کتاب های فلسفی و کلامی که محمد عبده نزد سید جمال خوانده به گزارش خود محمد عبده (به روایت محمد رشید رضا در کتاب تاریخ الاستاذ الامام، ص ۲۶) بدین قرار بوده: وأخبرني رحمه الله تعالى أنه قرأ على السيد كتاب الزوراء للدواني في التصوف ، وشرح القطب على الشمسية والمطالع وسلم العلوم من كتب المنطق ، والهداية والإشارات وحكمة العين وحكمة الإشراق من الفلسفة ، وعقائد الجلال الدواني والتوضيح مع التلويح في الأصول ، والجغميني وتذکره الطوسی في الهيئة القديمة وكتابا آخر في الهيئة الجديدة نسيت اسمه.