در قسمت آخر الهيات شفای ابن سينا اين عبارات را درباره خلافت و امامت می بينيم (الشفاء ( الإلهيات )، ج ٢، ص 452 ):

"...ثم يجب أن يحكم في سنته أن من خرج فادعى خلافته بفضل قوة أو مال ، فعلى الكافة من أهل المدينة قتاله وقتله، فإن قدروا ولم يفعلوا فقد عصوا الله وكفروا به ، ويحل دم من قعد عن ذلك وهو متمكن بعد أن يصحح على رأس الملإ ذلك منه ، ويجب أن يسن أنه لا قربة عند الله تعالى بعد الإيمان بالنبي أعظم من إتلاف هذا المتغلب ، فإن صحح الخارجي أن المتولي للخلافة غير أهل لها ، وأنه ممنو بنقص ، وأن ذلك النقص غير موجود في الخارجي ، فالأولى أن يطابقه أهل المدينة . والمعول عليه الأعظم العقل ، وحسن الإيالة ، فمن كان متوسطا في الباقي ومتقدما في هذين بعد أن لا يكون غريبا في البواقي وصائرا إلى أضدادها ، فهو أولى ممن يكون متقدما في البواقي ولا يكون بمنزلته في هذين . فيلزم أعلمهما أن يشارك أعقلهما ، ويعاضده ، ويلزم أعقلهما أن يعتضد به ويرجع إليه..."


اين چند سطر بخشی از آخرين مطالبی است که ابن سينا در الهيات شفا و آن هم در بحث امامت و خلافت نوشته. با وجود اينکه موضوع، بحث درباره خلافت است اما مانا که ابن سينا چشمی هم به حوادث سياسی معاصرش داشته. اين قسمت از شفا را می دانيم ابن سينا در همدان و در سال 414 ق و آن حدود و درست قبل از آماده کردن مقدمات برای ترک همدان و رفتن به اصفهان و اقامت در خدمت علاء الدوله آل کاکويه نوشته. ابن سينا با وجود اينکه سال ها نخست در ری و آنگاه در همدان در خدمت اميران آل بويه بود اما می دانيم که در اواخر آن دوران آشفتگی های سياسی در دوره شمس الدوله و فرزندش و منازعات سياسی در همدان و حمله علاء الدوله به این شهر و ... او را خسته و نا اميد کرده بود و البته می دانیم که عدم پذيرش وزارت هم کار را بر او سخت تر کرد. با توجه به مکاتبه ای که با علاء الدوله داشت و قصدی که برای رفتن به اصفهان گويا در عبارات بالا نظرش بر اين بود که به نحوی رويگردانی اش از آل بويه را در آن مقطع زمانی توجيه کند. ابن سينا در این دوره مدت ها مخفی زندگی می کرد و حتی مدتی به زندان افتاد و می دانيم که با ابوالقاسم کرمانی (همان "رجل همدانی") در همدان هم منافساتی برقرار بود. گو اينکه چند نفری از رجال دولتی و اعيان شهر از او حمايت می کردند. با اين همه سال های اصفهان تا آنگاه که مسعود غزنوی در 421 ق به آنجا حمله کرد و شهر را برای مدتی تصرف کرد و به این سبب ابن سينا سختی بسيار کشيد و کتاب هايش و از جمله شاهکارش نسخه کتاب الإنصاف از ميان رفت در مجموع بهترين و آرام ترین سال های زندگی ابن سینا به حساب می آيد.