درباره تکفير در ميان فرق و مذاهب اسلامی حرف و سخن بسيار است. در اينکه در طول تاريخ عده ای از علماء و فقهاء و دانشمندان و يا مذاهب فکری و دينی وابسته به سنت های اسلامی از سوی مخالفاشان تکفير شده اند البته جای ترديد ندارد. در ساير اديان هم انواعی از تکفير هميشه وجود داشته است. در اسلام به دليل اينکه نهادی رسمی که متولی دين باشد وجود ندارد و در واقع اعتقاد و يا عمل به اسلام و احکامش مستلزم اعتقاد و یا التزام به هيچ نهادی رسمی همانند کليسا نيست طبعا هيچ نهادی نمی تواند کسی را خارج از ايمان قلمداد کند. تکفير اگر به معنای اخراج کسی از جامعه مؤمنان است مستلزم وجود چنين نهادی رسمی است که توليت دين را عهده دار باشد. در اعتقاد اسلامی جز پيامبر (و امام معصوم؛ در انديشه شيعی) هيچ شخص و يا نهادی حجيت مطلق ندارد و يا مفسر رسمی دين نيست. بدين ترتيب چنانکه گفتم تکفير اگر خارج دانستن کسی از جامعه مؤمنين است در اسلام معنا ندارد. اين البته بدين معنا نيست که تکفير در تاريخ اسلام اتفاق نيافتاده. با اين وصف در بسياری از تکفيرهای مشهور در تاريخ اسلام اگر نيک دقت شود وجود انگيزه های سياسی قابل انکار نيست. در بسياری موارد هم تکفيرها اساسا تکفير نبوده اند و نوعی سوء برداشت صورت گرفته.

در تاريخ اسلام بدين ترتيب تکفير مسئله اصلی نبوده. در حقيقت آنچه به بسياری از خشونت های مذهبی و ديگری ستيزی ها و نفرت پراکنی ها انجاميده انديشه و ادبيات بدعت انگاری مخالفان مذهبی و فکری بوده: تبديع و تضليل. اينکه عقايد "ديگران" را به بدعت و مخالفت با "سنت" ("سنت" در اين زمينه يعنی سنتی که محدثان و اصحاب حديث سلف گرا آن را نمايندگی می کردند و مدعی اصالت آن بوده اند) متهم کنند و عده ای را از "اهل الأهواء" بخوانند. متأسفانه اين انديشه و نگاه و ادبيات در آثار اصحاب حديث و سلفی گرايان در طول تاريخ حضور قوی داشته و دارد. ريشه بسياری از خشونت های مذهبی و از جمله آنچه از وهابيت در طول تاريخ دويست ساله اش شاهد بوده ايم به همين می رسد. در عمده کتاب هایی که در طول تاريخ تمدن اسلامی درباره "سنت" و رد بر فرق و "اهل الأهواء والبدع" نوشته شده مخالفان و از جمله رافضيان تکفير نشده اند بلکه به بهانه مخالفت با "سنت" اهل بدعت خوانده شده اند؛ يعنی خارج از "جماعت". از اين نقطه نظر کسی داخل در "جماعت" مؤمنان است که پيروی سنت سلفيان اصحاب حديث باشد. در ذيل مقوله "بدعت" طبعا احکامی بر "اهل بدعت" و اين خارجين از "جماعت" جاری می شد که گاهی با "احکام کفر" شباهت داشت و يا نزديک بود. اين سبب می شد که گاهی تبديع و تضليل را برخی تکفير تفسير کنند.

انديشه تکفير در اصل از خوارج اوليه آمد و در برخی فرق آنان جا خوش کرد منتهی اين وهابيت بود که بعدها با تفسيری از برخی کلمات و عبارات ابن تيميه انديشه تکفيری و سخن از "ولاء و براء" (که در اصل از خوارج قديم وام گرفته شده بود) را در ادبيات و انديشه سلفيان اين دو قرن اخير ريشه دار کرد که آثار شومش را امروز در جريان های تکفيری جهادی می بينيم.