درباره تفسير فرات کوفی تاکنون سخن خطا زياد در نوشته ها و مقالات گفته شده. مثلا اينکه او از حسين بن سعيد اهوازی روايت می کرده و يا اينکه پدر شيخ صدوق و ابن وليد قمي از راويان او بوده اند. فرات کوفي بر مذهب زيدی بود و با اماميه نزديکی خاصی نداشت. عمده مشايخ او زيدی مذهبند و در ميان آنان اگر کسی مانند جعفر بن محمد بن مالک فزاري ديده می شود نه به خاطر ارتباط فکری و کلامی و فقهی فرات با اماميه کوفه بلکه به اين دليل است که فزاري مانند بسياری ديگر از راويان کوفه با سنت عمومی حديث کوفی و از جمله حديث زيدی ارتباط داشت و ارتباط فرات با او هم بر همين اساس بود. حديث کوفه قبل از اينکه زيدی باشد و يا امامی حديث کوفی و شيعی بود و در همين سنت است که کسی مانند ابن عقده به هر دو سنت حديث زيدی و امامی وابسته بود. ارتباطات زيديه با اماميه در کوفه به رغم نزاع ها و اختلافات در چند سده نخستين بسيار قوی بوده است. در ميان اماميه تنها شيخ صدوق شماری محدود از فرات کوفی در آثارش نقل کرده که البته از او با يک واسطه نقل روايت می کند. فرات از لحاظ طبقه روايی معاصر ناصر اطروش و حتی ابن عقده و کليني است. اينکه گفته اند در 307 زنده بوده برخلاف آنچه در برخی کتاب ها نوشته شده مبتنی بر مستند متنی درستی نيست و ناشی از خلط است گرچه حتما در اين تاريخ در قيد حيات بوده و احتمالا تا حدود 320 و بل بيشتر هم عمر کرده است. با وجود اينکه رواياتی از فرات در آثار شيخ صدوق نقل شده تفسير او تا قبل از علامه مجلسي در ميان اماميه شناخته نبود(جز نقل هایی از آن در تفسير منسوب به علي بن ابراهيم قمي که از همين نسخه موجود تفسير فرات در آن بهره گرفته شده). البته در سنت خراسانی نزديک به زيديه، حاکم حسکاني در شواهد التنزيل به تفسير او دسترسی دارد. شگفتا که نسخه تفسير او مطلقا در ميان زيديه يمن و حتی ايران شناخته نبوده و هيچ نقلی از تفسير او در ميان زيديه تاکنون گواهی نشده. تنها زيديه کوفه او را می شناخته اند. ابوعبد الله علوی، عالم طراز اول زيدیه در کوفه در سده پنجم با دو واسطه از فرات نقل روايت می کند. از طريق الجامع الکافي همين ابوعبد الله علوي که دائرة المعارف فقه زيدی کوفه بوده است همينک می دانيم که فرات در فقه زيدی هم دست داشته و از محمد بن منصور المرادی، فقيه برجسته زيدی مذهب کوفه اقوالی را در فقه نقل کرده است. او از راويان و شاگردان محمد بن منصور بوده گرچه ظاهرا مدت بهره وری او از این شیخ کم بوده چرا که تعداد رواياتش از محمد بن منصور بسيار کم است. در عوض از معاصر او، يعنی حسين بن الحکم الحبري که او هم از علمای مهم زيديه کوفه بود حديث زيادی نقل کرده و تقريبا همه تفسير او را در تفسير خودش نقل کرده است.

از تفسير فرات تاکنون دو چاپ ارائه شده. نسخه های کتاب از سده نهم قديمتر نيست و شوربختانه اسناد شماری از روايات کتاب در نسخه ها حذف شده. چاپ آقای محمد کاظم محمودی متأسفانه چاپ خوبی نيست و با شيوه انتقادی منتشر نشده است. آقای محمودی علاوه بر آن در متن تفسير تصرف کرده و نظم اصلی کتاب را به هم زده است. چاپ ديگری از اين تفسير به شيوه انتقادی حتما لازم است و خوب است خود ايشان بدين کار اقدام کنند.

فرات کوفی برخلاف آنچه در بسياری از تحقيقات جديد و از جمله تحقيقات غربی درباره تفسير شيعی گفته شده امامی مذهب نبوده و کتابش هم نماينده تفسير و تفکر اماميه نيست. اين تفسير نماينده تفسير شيعی کوفی است در سده سوم و در آن تحولات فکر زيدی در سده سوم معاينه قابل بررسی است. در مقاله زيديه که برای دائرة المعارف بزرگ اسلامی نوشته ام در اين موضوع تفصيلا سخن گفته ام.