اینکه مکتب تفکیک با نظام های فلسفی و کلامی مخالف است و هرگونه نظر ورزی استدلالی عقلی را مردود می شمارد گرچه از دیدگاه اهل تحصیل درست نیست اما به هرحال قابل درک است اما یکی از مشکلات اهل فلسفه و کلام با مکتب تفکیک ارائه تاریخنگاری متفاوت و البته غیر مستندی است از سوی آنان برای کلام و فلسفه که طبعا از این یکی نباید به سادگی گذشت. در این تاریخنگاری همه علمای شیعه الا قلیلی از آنها مخالف فلسفه و حکمت جلوده داده می شوند. اگر کل تاریخ پر برکت علمای شیعه را در نظر آورید می بینید که بیشتر علمای شیعه یا در کلام و فلسفه مساهمت های جدی داشته اند و یا اینکه دست کم نسبت به این دو دانش نگاهی منفی نداشته اند. در همین چند صد سال اخیر زندگی و آثار بیشتر فقها و اصولیان را که بررسی می کنید ملاحظه می فرمایید که بزرگترین اصولیان درس فلسفه را به شکل جدی خوانده اند. در همین مکتب طهران بیشتر شاگردان آقا علی و حکیم جلوه و آقا محمد رضا را اصولیانی تشکیل می دهند که همزمان در درس میرزای آشتیانی و مرحوم کلانتر و سید صادق طباطبایی و کمی قبلتر ملا علی و یا کمی بعدتر درس ملا عبد النبی نوری شرکت می کرده اند. بد نیست حواشی مرحوم شیخ محمد تقی آملی را بر منظومه و همچنین احوال پدرش ملا محمد آملی را که از شاگردان حکمای طهران بودند ملاحظه کنید تا درستی این سخن بر شما روش شود. خود مرحوم کلانتر که از بزرگترین شاگردان شیخ است در عین حال شاگرد ملا عبد الله زنوزی پدر آقا علی بوده. نمونه تاریخنگاری های مکتب تفکیک را می توان در کتاب های مرحوم نمازی شاهرودی دید. گمان نمی کنم آن تاریخنگاری ها را اهل تاریخ بپسندند.