از مهمترین و اساسی ترین بنیادهایی که در مکتب معارفی میرزا مهدی اصفهانی بر آن تأکید شده و بر اساس آن بسیاری از مباحث از جمله مسئله وجود و ماهیت، خلقت، علم بلا معلوم، جبر و اختیار، معرفت و مسائلی دیگر ساخته و نظریه پردازی شده است، مسئله وجود عالم و یا عوالم مختلف ذر، طینت اولیه، اشباح و اظله، خلقت ارواح پیش از ابدان و تفسیر خلقت بر اساس این باورهاست. مستند میرزای اصفهانی در مورد این مسائل طبعاً احادیث است و البته احادیثی که متضمن بحث درباره این گونه باورها و مسائلند عموماً در آثار اصلی و معتبر حدیثی شیعی نیامده و یا اگر هم نقل شده بسیار جنبه حاشیه ای در این کتابها، مانند کتاب کافی کلینی دارند. این احادیث معمولاً در آثاری با گرایشات باطنی و یا غالیانه نقل شده و بعدها هم به ویژه شخصی با گرایشهای غالیانه مانند حسن بن سلیمان حلی در آثارش به انتشار این دست احادیث همت کرد. راویان این دست احادیث عموماً در کتابهای رجالی شیعه امامیه به داشتن گرایشات باطنی و غالیانه شهرت دارند. در طول تاریخ اندیشه و کلام شیعی و یا در آثار اصلی و مهم در تفسیر قرآن که وسیله فقیهان و متکلمان امامیه نوشته شده به این دست احادیث توجهی نمی شده است و اصولاً این احادیث و مبانی آن و نتایج برخاسته از آن در کلام شیعی غائب است. اگر هم این احادیث در کتابها و مجامیع حدیثی نقل شده یا بر اساس بینشی بوده که نقل این احادیث متضمن نقل مناقب برای امامان شیعه است و لذا تنها از این نقطه نظر مورد اقبالی بوده و یا اینکه ناقلانی مانند علامه مجلسی اصولاً در نقل احادیث گرایش اخباری داشته و به مضمون این احادیث به صورت اجمالی و نه لزوماً به عنوان بخشی از دیدگاه های کلامی ساختارمند باور داشته اند. شیخ احمد احسایی شاید از نخستین متفکران امامیه بود که از این احادیث برای ساختن منظومه فکری خود بهره مند شد و برای این دست باورها جایی در ساختار منظومه فکری خود قرار داد و به احادیث این ابواب استناد کرد. اما در واقع چنانکه گفتم این میرزا مهدی اصفهانی بود که به شکل بی سابقه ای به این احادیث دل بست و به شکل بسیار گسترده ای احادیث این باورها را فارغ از آنکه منبع نقل معتبر است یا نه در آثارش نقل کرد، سهل است برای آن تئوری پردازی هم نمود. این احادیث چنانکه شیخ مفید هم در مسائل سرویه آشکارا گفته است به اندیشه های غلات شیعی متقدم باز می گردد که بعداً وسیله سنت غلات خطابی و مخمسی به آثار خصیبی و نصیریان هم راه یافت و ما امروزه ادبیات بسیار وسیعی در این رابطه در میان نصیریه در این موضوع در اختیار داریم؛ روایاتی مستند به سنت مفضل جعفی و محمد بن سنان که اتفاقاً عمده روایات ما هم در این زمینه در آثار حدیثی امامیه به همین دو تن باز می گردد. تعدادی از روایاتی که در آثار امامیه در این زمینه ها نقل شده مستقیماً برخاسته از ادبیات نصیری است، اما روشن نیست اگر مجموعه های حدیثی نصیریه که همینک در اختیار است در زمان میرزای اصفهانی در دست بود و به چاپ رسیده بود تا چه اندازه آن مرحوم شیفته آن احادیث هم به شرح ایضاً می شد و آنها را در منظومه سازی خود همانند دیگر احادیث این ابواب به کار می گرفت. البته این احادیث همگی چنانکه شیخ مفید و شریف مرتضی و بعدها مفسرانی مانند علامه طباطبایی در المیزان متذکر شده اند ریشه در فهم و تفسیری خاص و قابل بحث از آیه ای از قرآن دارد که در آن از اخراج ذریه بنی آدم سخن رفته است. این تفسیر نخست توسط شماری از مفسران و راویان دو سده نخست اسلامی پرداخته و از سنتهای غیر شیعی به سنتهای شیعی منتقل شد. اصل روایات درباره عالم ذر از سوی راویان غیر شیعی و در تفسیر این آیه در منابع نقل شده و البته معتزلیان و بسیاری دیگر از همان ابتدا آن را عقیده ای منتسب به حشویه تفسیر می کرده اند. آن احادیث و تفاسیر بعداً در اختیار غالیان شیعی قرار گرفت و بر اساس آن باورهای خود را متناسب با آن بازسازی کردند (معمولاً چنین است که باورها و احادیث غالیان متقدم شیعی ریشه اش به یک باور عمومی تری باز می گشته است که در ابتدا جنبه شیعی نداشته اما با همت و پیشنهادات راویان متقدم باطنی گرا، آموزه های شیعی در آن به تدریج بازسازی می شده است. نویسنده این سطور اسناد این بحث را در جای دیگری مطرح کرده است). به هر حال یکی از علل دلبستگی به این دست احادیث در میان گروه های غالی و باطنی زمینه ای بوده است که این احادیث به دست می داده است برای نگاهی متافیزیکی به طبیعت امام و نیز نوعی ثنوی اندیشی و همچنین روح باوری که البته ریشه های آن به همه گروه های گنوسیستی قدیمتر می رسد و تأثیرات مکاتب و مذاهب قدیم مانوی و ثنوی در آن مشهود است؛ مکاتبی که همینک روشن است که به صورت آشکاری بر شکل گیری باورهای باطنی و غالیانه در اسلام مؤثر بوده اند؛ در واقع نوعی روایت اساطیری از آغاز خلقت، ماهیت انسان و معطوف به تفسیری ثنوی از دو چهره الهی و شیطانی در انسان و عالم خلقت و سهم نور و ظلمت در آن و روح باوری در تمامی عناصر طبیعت. احادیث طینت و عالم ذر همین دیدگاه ها را با داخل کردن عناصری از مفاهیم شیعی درباره طبیعت الهی امام در این نوع احادیث بازتاب می دهند. روشن است که این دیدگاه ها درباره خلقت نوعی تفسیر مادی از خلقت به دست می دهد و با نظریه فیض و ابداع فیلسوفان مسلمان (که تفسیری نوافلاطونی از دیدگاه های ارسطویی بود و گاه در روایتی ترکیبی با نظریه ارسطویی و گاه مستقل از آن به شکلی کاملاً نوافلاطونی ارائه می گردید) تمایزی آشکار دارد. متکلمان و از جمله معتزله البته نظریه های فلسفی ارسطویی و یا نو افلاطونی را نمی پسندیدند اما از دیگر سو نظریه خلقت از عدم (لاشیء) آنها با آنچه در این دیدگاه های باطنی مطرح می شد مخالفتی تمام داشت. با همه این احوال بعداً نوعی تلاش برای سازگاری میان باورهای نوافلاطونی درباره ابداع و فیض از یک سو و دیدگاه های گنوسیستی گروه های باطنی شیعی و باطنی صورت گرفت. حتی شماری از عالمان نصیریه سعیشان ارائه تفسیری از احادیث خلقت و عالم ذر و اشباح و اظله بود که با دیدگاه کلی آنها درباره طبیعت الهی معنی (عین) و ظهورات آن سازگار افتد. به هرحال اندیشه طینت خوب و طینت بد و خلقت ترکیبی آن دو در عالم و تفسیر گنوسیستی "نجات" و مرتبط با آن بسیاری از باطن گرایان شیعی را به خود جذب می کرده است. نصیریان چنانکه گفتم بعدها تفسیری فلسفی از این دیدگاه در جهت ارائه منظومه ای تنزیهی ارائه دادند. شماری از عالمان امامیه هم با الهام از محی الدین ابن عربی و مکتب او سعیشان نوعی تلفیق میان دیدگاههای شیعی درباره ولایت تکوینی و الهیات سلبی و تنزیهی بود. بنابراین احادیث عالم ذر و اظله و اشباح و مسئله خلقت در این چارچوب جدید تفسیر می شد. میرزا مهدی اصفهانی رویکردش در این چارچوب قابل تفسیر است. او با تلاشی قابل توجه تلاش کرد تا احادیث مرتبط را دسته بندی کرده و اختلافات و تناقضهای آنها را در ساختاری هماهنگ تا آنجا که ممکن است باز تأویل کند. منظومه و تصویری که او از خلقت مبتنی بر احادیث اظله و اشباح و طینت و خلق ارواح قبل الأبدان به دست می دهد تصویری است پیچیده و البته کاملاً بی سابقه که در طی آن وی از این احادیث بهره می گیرد تا نه تنها مسئله نسبت خلقت را با خداوند از دیدگاهی تنزیهی تعبیر و تبیین کند بلکه آن را در چارچوب نظریه تنزیهی خود در ارتباط با مشکل وجود و همچنین مراتب مختلف علم، مشیت و اراده خداوند به کار می گیرد و حتی سعی می کند از آن راهی برای حل مسئله های علم بلا معلوم، بداء و جبر و اختیار پیدا کند. او در این میان در بحث از معنای شیء و موجودیت (و ارتباط آن با مفهوم ظل) البته آشکارا متأثر از نظریه شیئیت معدوم معتزلیان و اعیان ثابته ابن عربی هم بوده است. میرزای اصفهانی در واقع در ارتباط با این نوع مسائل روایت کاملاً تازه ای از نظریه "ولایت تکوینی" امامان به دست داده است. الگوی او در این نوع مسائل رویکرد گفتمانی شیخ احمد احسایی بوده است؛ گرچه در نهایت او را به تعبیر یکی از شاگردانش شخصی می داند که در پله آخر معرفت و فهم عمق مفهومی "ولایت" و حقيقت "اسماء و صفات" دچار لغزش شده و از دستیابی به "معارف الهی" باز مانده است. میرزای اصفهانی پدیده ای تازه و متفکری کم نظیر در تاریخ تفکر امامیه بوده است.