بر ابواب الهدی آنگاه که سالها پیش چاپی غیر انتقادی و نازل از آن منتشر شد انتقادات زیادی شد. به طوری که نویسنده این سطور که آن سالها درسهای معارفی را با برخی از نمایندگان این مکتب در تهران مذاکره می کرد به خاطر دارد نخستین واکنش دلبستگان بدان مکتب این بود که این اثر از میرزای اصفهانی نیست و بلکه تقریرات برخی شاگردان است و متن مورد تأیید مهمترین نمایندگان این مکتب در تهران آن روزگار یعنی مرحوم شیخ محمود حلبی نیست. ایراد البته به چاپ مرحوم نجفی از این کتاب مربوط نمی شد. متن ابواب الهدی توقع و انتظار خواننده را که از دور از این مکتب فکری بسیار شنیده بود برآورده نمی کرد. متن کتاب از نقطه نظر ساختاری اشکالاتی دارد و از منطقی قابل مفاهمه و بحث در ارائه مطالب تبعیت نمی کند. یکی از مشکلات متن ابواب الهدی و البته سایر نوشته های مرحوم میرزا مهدی اصفهانی نا استواری در زبان عربی به کار گرفته شده در کتابهای اوست. معلوم است که نوشتن به زبان عربی چندان برای آن مرحوم آسان نبوده است. نوشته های فارسی مرحوم میرزای اصفهانی زبانی روشنتر دارند و مفهوم محصلتری از خواندن آنها به دست می آید. خوشبختانه در چاپ تازه کتاب ابواب الهدی که توسط آقای حسین مفید سامان گرفته، مشکلات متن کتاب با ارائه شماری از توضیحات برگرفته از متن کتابهای دیگر میرزای اصفهانی و از جمله کتاب معارف القرآن او تا اندازه ای حل شد و مقصود کلام میرزا روشنتر قابل فهم است. اینکه می گویم روشنتر مقصودم این نیست که اندیشه های میرزا حاوی نکاتی است که فهم آن حتی بر خواننده آشنا با اصطلاحات سخت و پیچیده باشد؛ مقصودم اشاره است به زبان کما بیش نامفهوم به کار گرفته شده در کتابهای عربی آن مرحوم که همینک با متنهای تکمیلی در چاپ یاد شده فهمش ساده تر می شود. به هرحال برخی مباحثی که به طور اشاره وار و نا روشن در کتاب ابواب الهدی مورد بحث قرار گرفته است همینک به لطف چاپ حاضر درونمایه خود را آشکارتر نشان می دهند. نویسنده این سطور از همان سالها، متنهای کتابهای دیگر میرزا مهدی و تقریرات شاگردان او را، بسیاری از آنها را در اختیار داشت و کم و بیش با کمک آن آثار دیگر درونمایه تفکر میرزا مهدی را می شناخت. اما این مسئله عمدتاً به دلیل مباحثه و مطالعه متن درسهای فارسی معارف بود که از مرحوم حلبی در اختیار است و بی نهایت برای فهم مبانی میرزا مهدی مفید و کارآمدند. با این وصف در همان درسها هم گویا اراده ای وجود داشته تا از ذکر برخی لایه های درونی تر مکتب میرزا مهدی اصفهانی اجتناب شود. این را می شود درباره کتابهای دیگری که توسط برخی نمایندگان این مکتب در طول پنجاه سال گذشته منتشر شده معاینه دید. کتابهایی مانند بیان الفرقان، میزان المطالب، توحید الامامیه و تنبیهات حول المبدأ والمعاد. در این میان تنها کتاب اخیر که نوشته مرحوم مروارید است آشکارتر در برخی مباحث کنه و درونمایه اصلی شماری از باورهای میرزا مهدی و تفسیرها و تأویلات او را از اخبار و احادیث حکایت می کند. شماری از دیگر نمایندگان این مکتب و از جمله مرحوم ملکی در توحید الامامیه قصدشان ارائه دیدگاهی کم و بیش متناسب با روایات و طرح بحث در چارچوبی حدیثی و قابل فهم برای مخاطب آشنا با احادیث و گفتارهای عالمان محدثی مانند علامه مجلسی است. از دیگر سو، جناب آقای محمد رضا حکیمی در کتاب مکتب تفکیک آشکارا پیداست که مباحث مکتب میرزا مهدی را اساساً در چارچوبی متفاوت و با سلیقه ای که بیشتر نماینده افکار ایشان است مطرح کرده و این چیزی است که به سادگی با مقایسه آن کتاب با آثار میرزای اصفهانی و از جمله همین ابواب الهدی پیداست.
با وجود رویکرد کم و بیش غیر شفاف برخی از دلبستگان به مکتب معارفی مشهد نسبت به کتاب ابواب الهدی، اما این متن همان بحثهایی را مطرح می کند که میرزای اصفهانی در اثر پر برگ خود تحت عنوان معارف القرآن و یکی دو اثر دیگرش به شکل تفصیلی تر و البته روشنتری مطرح کرده است. از معارف القرآن به خوبی می توان تأثیر پذیری های میرزای اصفهانی را از آرای مکاتب کلامی و فلسفی مختلف و به طور خاص آرای شماری از شارحان شیعی ابن عربی در سده های متأخر و همچنین تأثیر مکتب اعتقادی شیخ احمد احسایی را نشان داد.
میرزای اصفهانی در کتاب ابواب الهدی روایتی از علل نهضت ترجمه کتابهای فلسفی ارائه می دهد که گرچه برخی دیگر از مخالفان فلسفه از میان امامیه‌ آن را پیشتر مطرح کرده بودند اما واضح است که آن روایت و برداشت که علت نهضت ترجمه را در اراده معطوف به قدرت خلفای عباسی در تضعیف جایگاه علمی امامان شیعه تفسیر می کند گزارشهای تاریخی مستند تأیید نمی کنند. چنینن برداشتی نه تنها با واقعیتهای تاریخی سازگار نیست بلکه حتی با برداشتی که عالمان شیعه در طول تاریخ و به ویژه در نسلهای اولیه نسبت به نهضت ترجمه داشته اند منطبق نیست. وی از مخالفت عالمان و راویان متقدم شیعه با فلسفه و ردیه های‌ آنان بر فلسفه یاد می کند، اما روشن است که در این روایت آگاهانه همدلی بسیاری از عالمان امامیه در طول تاریخ نسبت به فلسفه نادیده گرفته شده است. در همان نسلهای اولیه و در طول سده های سوم و چهارم تعدادی از متکلمان امامیه و از جمله حسن بن موسی النوبختی نسبت به فلسفه و ترجمه متون یونانی موضعی کم و بیش مثبت داشتند. وانگهی درست است که بسیاری از متکلمان شیعه موضعشان نسبت به فلسفه موضعی منفی بود اما همانها در چارچوبی دیگر، یعنی چارچوب کلام معتزلی باورها و اندیشه هایی را مطرح می کردند که به نحوی تحت تأثیر فلسفه های یونانی بود؛ چنانکه این امر بر آشنایان بر کلام معتزلی پوشیده نیست. بسیاری از آنچه متکلمان امامیه، کسانی مانند شیخ مفید، شریف مرتضی، شیخ طوسی و بعداً کسانی مانند سدید الدین حمصی، خواجه نصیر طوسی و علامه حلی در آثار کلامی خود مطرح کرده اند و از جمله همین کتاب تجرید آشکارا با بسیاری از روایات گردآمده در مجامیع حدیثی امامیه و آنچه فی المثل شیخ صدوق به عنوان اعتقادنامه شیعی مطرح کرده سازگار نیست و صد البته با تفسیری که میرزای اصفهانی از احادیث در آثارش و از جمله همین ابواب الهدی ارائه داده است. بنابراین پرسش ما این است که آیا میرزای اصفهانی گمان می برده است می توان تمامی میراث کلامی و فلسفی شیعه که محصول قرنها تعامل منظومه های مختلف فکری اسلامی بوده است؛ آنچه او "معارف بشری" می خواند را با آنچه وی به عنوان "معارف الهی" عرضه کرده جایگزین کرد؟ پاسخ او هرچه بوده بی تردید آنی نیست که استاد محمد رضا حکیمی از آن با عنوان "رویکرد تفکیکی" یاد می کنند.