كتاب الكافي معمولا در سنت اماميه مشتمل بر سه بخش عمده قلمداد مي شود : اصول ، فروع و روضه كافي . فقهاي اماميه بيش از هر بخش ديگري در اين مجموعه ، بخش فروع كه مشتمل بر يك دوره نسبتا كاملي از ابواب فقهي و احاديث مربوطه است را مورد توجه قرار داده اند . مجموعه احاديث فقهي كتاب الكافي كه در بخش فروع كافي قرار گرفته است ، بارها در مجموعه هاي حديثي ديگر و معمولا در تبويب بندي متفاوت و گرچه متاثر از تبويب كتاب الكافي مورد نقل قرار گرفته و يا با مجموعه احاديث ديگري تكميل شده اند .
دو بخش اصول و فروع خود به تعدادي كتاب و هر كتاب به تعدادي باب كه عموما ( والبته نه در همه موارد ) هر كدام عنوان ويژه اي دارد , بخش بندي شده است . البته در همه موارد اين شيوه رعايت نشده است . بطوري كه برخي كتابها مانند كتاب العقل و الجهل شامل هيچ بابي نيست . تعداد احاديث هر باب هم بستگي به اهميت آن باب و ميزان احاديثي است كه كليني توانسته بوده از احاديث آن باب فراهم نمايد . گاهي ذيل يك باب تنها يك حديث نقل كرده است . كليني در مواردی از كتاب خود , ابوابي را با عنوان النوادر اختصاص داده است كه درباره ماهيت و ارزش احاديث اين باب ميان علماي شيعه اختلاف نظر وجود دارد .
اصول كافي كه در چاپ مشهور آن در دو جلد به چاپ رسيده ، مجموعا شامل هشت كتاب به ترتيب ذيل است (مجموعا اين هشت كتاب شامل 505 باب ( گاهي بدون عنوان ) و 3783 حديث است ):
1- كتاب العقل والجهل
2- كتاب فضل العلم
3- كتاب التوحيد
4- كتاب الحجة
5 – كتاب الايمان والكفر
6 – كتاب الدعاء
7 – كتاب فضل القرآن
8 – كتاب العشرة
بخش فروع الكافي كه شامل پنج جلد در چاپ مشهور است ، شامل 26 كتاب از كتابهاي فقهي است كه بيشتر عناوين آن برخاسته از عناوين كتابها و ابواب فقهي فقيهان شيعي است (مجموعه كتابهاي بخش فروع الكافي مجموعا شامل 1776 باب مي شود كه مجموعا در آن 10911 حديث روايت شده است). البته نظم و عناوين اين كتابها در كتابهاي فقهي و يا حديثي اين دوران و اندكي پيش و پس از اين دوره كاملا يكسان نيست و تحولاتي را بسته به شرايط تاريخي / اجتماعي و ضرورتها و بايسته هاي مذهبی مختلف داشته است. عناوين اين كتابها عبارتند از :
كتاب الطهارة ، كتاب الحيض ، كتاب الجنائز ، كتاب الصلاة ، كتاب الزكاة ، كتاب الصيام ، كتاب الحج ، كتاب الجهاد ، كتاب المعيشة ، كتاب النكاح ، كتاب العقيقة ، كتاب الطلاق ، كتاب العتق والتدبير والكتابة ، كتاب الصيد ، كتاب الذبائح ، كتاب الاطعمة ، كتاب الاشربة ، كتاب الزي والتجمل والمروءة ، كتاب الدواجن ، كتاب الوصايا ، كتاب المواريث ، كتاب الحدود ، كتاب الديات ، كتاب الشهادات ، كتاب القضاء والاحكام ، كتاب الايمان و النذور والكفارات .
تبويب ابواب فروع الكافي و تنظيم احاديث مرتبط با هريك از اين ابواب و پراكندگي اين احاديث ، گرچه بي ترديد برخاسته از سنت تبويب و تصنيف احاديث فقهي در مجامع و جوامع حديثي كهنتر دارد (در اين مورد بايد به شماري از مولفان مجموعه هاي حديثي كه پيش از كليني ، كتابهاي خود را بر اساس تبويب ابواب فقهي نوشته اند ، اشاره كنيم )، ولي ترديدي نيست كه اين مسئله مرتبط با منظر فقهي كليني و پايگاه او در سنت / سنتهای فقهي شيعي و امامي دارد . درك دلالت دقيق احاديث و دسته بندي مدلولات فقهي احاديث و تنظيم ابواب مختلف بر اساس اين مدلولات و توجه به مباني روايي فتاوي فقهي و مضمون كتابهاي فقهي و پيشنهاد دادن عناوين جديد براي موضوعات / فتاوي فقهي طبعا نيازمند آشنايي عميق مولف به فقه دارد .
از جمله مواردي كه نشانگر همين دقت نظر كليني در تنظيم ابواب كتابهاي بخش فروع الكافي است ، تكرار كردن احاديث در ابواب مختلف الكافي است كه به ضرورت دلالتهاي مختلف يك حديث الزامي بوده است . وي در اين راستا گاهي ناچار شده است كه يك حديث بلند را چندين بخش كرده و پاره هاي مختلف آن را در ابواب مختلف الكافي روايت كند .

به نظر مي رسد كه كليني در تدوين كتاب الكافي و تنظيم كتابها و ابواب آن و حتي تنظيم روايات يك باب و يا ارائه احاديث متعارض در كنار احاديثي كه مورد عمل اماميه و يا دست كم خود او بوده است ، از شيوه و رويكرد پيشاپيش مشخص و منظمي برخوردار بوده است . برخي از نويسندگان معتقدند كه حتي كليني در هريك از ابواب ، احاديثی كه دلالت واضح تري بر عنوان باب داشته است را در آغاز ابواب ارائه داده است (نك : خوانساري ، روضات الجنات ، 6 / 116 ؛ حسن صدر ، نهاية الدراية ، ص 222 ؛ محمد صادق بحرالعلوم ، دليل القضاء الشرعي ، 3 / 139) . با اين وصف در مورد تكرار برخي از ابواب و يا برخي مواردي كه نشانگر عدم ترتيب و نظم منطقي در عناوين ابواب و حتي كتابهاي الكافي است ، مي توان عامل زمان و طول سنوات تدوين كتاب و شيوه تدوين و تخريج كتاب الكافي و شيوه روايت و تداول آن نزد محدثان طبقه شاگردان كليني و نقش راويان و شايد حتي ناسخان را مورد توجه قرار داد . به هرحال به دلیل اینکه نسخه های فعلی کتاب روشن نیست دقیقاً همان نظم از پیش تعیین شده را همه جا حفظ کرده باشند بحث در این مورد نیازمند پژوهشی مستقل است.

كتاب الروضة :
اين بخش از كتاب الكافي بيشتر شامل احاديث آداب ، اخلاق ، مواعظ و سنن است كه متناسب با كتابها و ابواب دو بخش ديگر يعني اصول و فروع نبوده است . البته برخي احاديث تفسيري ، اخبار و قصص تاريخي و مواردي مانند ذكر خطبه ها و رسائل امامان ، طب امامان ، تعبير خواب نيز در اين كتاب ديده مي شود . كليني در اين كتاب به شيوه دو بخش ديگر عمل نكرده و هيچ كتاب و يا بابي را در اين بخش از كافي مطرح نكرده است . بنابراين اين كتاب بيشتر به يك جنگ حديثي و بدون نظم و ترتيب معين شباهت دارد و همين امر اسباب اختلاف اين بخش را با دو بخش ديگر الكافي فراهم كرده است . گرچه بنا بر تحليل درون متني و نيز از لحاظ انتساب كتاب الروضة به كليني در منابع كهن, ظاهرا جاي ترديدي در انتساب اين بخش به کلينی وجود ندارد، اما با اين وصف در مورد اين كتاب از مجموعه كتابهاي الكافي ، اين ترديد ابراز شده است كه آيا براستي اين كتاب اثر كليني است و يا اينكه از مولفي ديگر از علماي اماميه است . از آن ميان ملا خليل بن الغازي القزويني اخباري ( درگذشته 1089 ق) معتقد بوده است كه كتاب الروضه اثر ابن ادريس حلي است ( نك : افندي ، رياض العلماء ، 2 / 261 ؛ خوانساري ، روضات الجنات ، 3 / 272. در مورد استقلال آن از کتاب الکافی , نیز نک : ابن شهر آشوب , معالم العلماء , ذیل نام کلینی).