بی تردید بعد از ملا صدرا، آقا علی مدرس بزرگترین حکیم و فیلسوف ایرانی است که ابتکارات مهمی در مباحث فلسفی دارد. از ویژگی های او این بود که برخلاف بسیاری از دیگر اتباع ملاصدرا مبانی و مباحث فلسفی را با مباحث عرفانی مکتب شاگردان ابن عربی نمی‌ آمیخت. قبل و بعد او بسیاری بودند از شارحان ملا صدرا که شیوه آنان آمیختن فلسفه و عرفان نظری شارحان ابن عربی بوده است. علامه طباطبایی با واسطه شاگرد اوست. او برخلاف غالب آشنایان و شارحان فلسفه از معاصرانش بر استقلال مباحث فلسفی تأکید داشت. با وجود اینکه خود در عرفان و گرایشات عرفانی شاگرد بزرگان این رشته بود اما در نوشته های فلسفی خود این دو را با هم نمی آمیخت. بدایه و نهایه او بی تردید مهمترین کتاب های جامع فلسفی در مکتب حکمت متعالیه بعد از شرح منظومه حاجی سبزواری به شمار می آیند و در ارائه خلاصه ای مفید و گاه با ساختاری ابتکاری و در عین حال انتقادی از آن بسیار مؤفق بوده اند. آقای طباطبایی آرای ابتکاری در فلسفه داشت که برخی از آنها را در این دو کتاب و همچنین در حاشیه اسفار مطرح کرد. در حاشیه کفایه هم مطالب ابتکاری دارد و از آن جمله در مباحث اعتباریات. اما از این بالاتر مرحوم علامه طباطبایی یک فیلسوف به معنی آزاد آن بود. به مکتب ملا صدرا وفادار بود اما مهمتر از آن از معدود آدم هایی بود که اندیشه فلسفی به معنای تفکر فلسفی و فلسفی اندیشی داشت. کتاب اصول فلسفه و روش رئالیسم او کاری است ابتکاری. در مباحثات خود با هانری کوربن هم این چهره از شخصیت او نمایان است. استاد ما آقای دکتر دینانی بر این جنبه از شخصیت او همواره تأکید می کرد. اینکه می شد با او در هر موضوعی نشست و گفتگو کرد و اندیشه ورزی کرد و تفکر آزاد ورزید. این از ویژگی های منحصر به فرد او بود. بسیاری از شاگردان نامدار او مشی او را دنبال نکردند. فهم متن کتاب های فلسفی ابن سینا و خواجه و ملا صدرا یک چیز است و درک مبانی فلسفی و تلاش برای ارائه تفکری فلسفی چیز دیگری است. بسیاری در صد سال گذشته در تهران و مشهد و نجف و بعد در قم درس فلسفه می داده اند. متن ها را خوب می فهمیده اند و از عهده شرح متن ها به خوبی بر می آمده اند اما ابتکار نظری نداشته اند. سهل است عده ای هستند که متن ها را درست شرح می کنند اما بن مایه و دشواره نظری و الهیاتی بحث ها را در نمی یابند. علامه طباطبایی از لونی دیگر بود. مرحوم آقای بروجردی آنگاه که از تدریس اسفار در قم منع فرمود در برابر اصرار جمعی به تدریس شفا از سوی علامه طباطبایی گویا اجازت داده بود. شفای ابن سینا برای بستر سازی در راستای اندیشه فلسفی و برهانی در چارچوب سنت فلسفی اسلامی البته متن مهمتر و محوری تری است. اصلاً یکی از مشکلات ما در حکمت متعالیه این بوده که به همان اندازه که مکتب ابن عربی داخل در آن شده حکمت سینوی در آن به حاشیه رفته و همین خلط مفاهیمی را سبب ساز شده است. من نمی دانم آیا تقریرات درس های مرحوم علامه طباطبایی اصلاً نوشته شده یا نه اما آرزومندم درس های شفای او را شاگردانی نوشته باشند. مرحوم آقای خوانساری هم چنانکه مرحوم آقا مهدی حائری یزدی اظهار فرموده بودند از بهترین استادان حکمت مشایی بود. متأسفانه سنت تدریس حکمت مشایی خارج از چارچوب های تفسیر ملاصدرایی از آن که به ویژه مرحوم جلوه در تهران مؤسس آن بود چندان ادامه نیافت.