آقایی به نام محمود هدایت افزا که البته من تاکنون گویا توفیق آشنایی با ایشان را نداشته ام در مطلبی تند و تیز به نقد نوشتار کوتاهی از من درباره کتاب مکتب در فرایند تکامل آقای مدرسی طباطبایی پرداخته است. من البته غیرت دینی آقای هدایت افزا را می توانم درک کنم اما بی حرمتی به قلم را البته نه. نوشته من در خصوص دفاع از کتاب آقای مدرسی نبود و در آنجا نوشتم که با جزئیات بحث های ایشان در این کتاب کاری ندارم. در آن نوشته کوتاه قصد من پرداختن به شیوه های نقد تاریخی هم نبود. من تنها می خواستم دو نکته را تذکر دهم: نخست اینکه زبان کتاب آکادمیک زبانی سرد و خالی از احساسات دینی نویسنده فارغ از اعتقادات شخصی او باید باشد؛ به ویژه در کتابی که به زبانی بین المللی و بیرون از زبان های سنت های درون دینی نوشته و منتشر می شود. آقای هدایت افزا این مطلب من را که در ابطه با جنبه های زبانی کتاب است بحث از شرایط پژوهش تاریخی از دیدگاه من جلوه داده است. نکته دومی که من در آن نوشته کوتاه قصد بیان آن را داشتم تذکری بود کلی و بدون ورود در جزئیات در خصوص تمایز شیوه پژوهش تاریخی با بحث های سندی و رجالی و حدیثی مرتبط با دانش های سنتی دینی و از جمله در مباحث فقهی.
با این وصف آقای هدایت افزا آن نوشته را دفاعنامه ای از آقای مدرسی فرض فرموده اند. آقای مدرسی بحمد الله خود می توانند از کتاب و نوشته خود اگر لازم باشد دفاع کنند و نیازی به آن نوشته کوتاه من طبعاً ندارند. آنچه من قصد بیانش را داشتم این بود که کتاب مکتب در فرایند تکامل را باید در کانتکست خاص خود خواند و فهمید. با ابزارها و داوری های معمول در سنت های حوزوی نمی توان کتاب آقای مدرسی را ارزیابی کرد؛ نه زبان آن در چارچوب زبان کتابی دینی و مذهبی نوشته شده و نه شیوه پژوهش تاریخی آن برگرفته از آن سنت است. بنابراین اگر می خواهید آن را نقد کنید دست کم ابزار لازم را بشناسید و به کار گیرید. آقای هدایت افزا که در درک مقصود نویسنده این سطور مؤفق نبوده در همین یادداشت نقد گونه ای که در واکنش به مقاله کوتاه من نوشته نشان داده است که در شناخت آن ابزارها و به کارگیری آن شیوه های علمی نیز متأسفانه توفیقی نداشته است.