شريف مرتضی در دانش کلام از دو سنت کلامی متمايز بهره مند بوده است:
يکی سنت/ سنتهای کلامی در تشيع امامی؛ عمدتاً سنت کلامی استادش شيخ مفيد که کم و بيش در برخی مسائل فلسفی و اصلی دانش کلام جانب بغداديان، يعنی معتزله بغداد را داشت و البته در عين حال خود متأثر از گرايشهای کلامی دوران کهنتر کلام معتزلی و گرايشات متمايل به اعتزال مانند گرايش کلامی بنی نوبخت از يک سو و گرايش اهل کلام در ميان دانشمندان کهن تشيع در عصر حضور امامان مانند هشام بن الحکم و يونس بن عبد الرحمان و فضل بن شاذان نيز بود (نک: تحقيقات مادلونگ درباره کلام عصر ما قبل اشعري و نيز رابطه اماميه و معتزله و نيز کتاب انديشه های شيخ مفيد تأليف مارتين مکدرموت؛ نيز نک: کتاب بحران و ثبات استاد مدرسی طباطبايي، بخش مربوط به تاريخچه مجادلات کلامی). البته شيخ مفيد، استاد شريف مرتضی در مسائل مذهبی مانند مباحث مربوط به ايمان، وضعيت دنيوی و اخروی مؤمنان و نيز وضعيت دينی و رهبری و امامت جامعه مؤمنان طبعاً چون شيعی بود و نه معتزلی، آنجا که اقتضاء می کرد، راه مخالف معتزليان و موافق شيعيان را تبعيت می کرد و از آن دفاع می نمود. شيخ مفيد در دستگاه کلامی خود و در جايگاه متکلم مشی اهل کلام را قبول داشت و از علم کلام دفاع می کرد و به همين دليل با مشی اصحاب حديث اماميه مخالف بود و نيز به دليل پذيرش مبانی متکلمان معتزلی، با مکاتب پيشا معتزلی در ميان اهل کلام شيعه مانند گرايش هشام بن الحکم هم مخالف بود؛ گرچه چنانکه گذشت از او و مکتبش تأثيراتی پذيرفته بود. شريف مرتضی بنابراين در همه اين امور تحت تأثير استادش شيخ مفيد بود. بدين ترتيب او در مباحث مذهبی؛ همانند آنچه گذشت و مسائل وابسته مانند قرآن و يا جزييات نبوت و معاد نيز همچون استادش شيخ مفيد در موضع انتقاد از دوستان معتزلی اش بود (برای مختصری در اين موضوعات، نک: فصل مربوط به شريف مرتضی در کتاب مارتين مکدرموت).
اما شريف مرتضی در کنار اين سنت، و برخلاف استادش، مکتب معتزلی بهشمي را به جای مکتب بغداد می پسنديد و اصولاً بسيار بيش از او نسبت به مکتب کلامی معتزله اشتياق نشان می داد. او مدتی هم نزد قاضي عبد الجبار شاگردی کرده بود و به طور کلی از متکلمان معتزلی و از آن جمله بهشمی بغداد کلام آموخته بود. بغداد در نيمه دوم سده چهارم تدريس و آموزه های مهمترين نماينده مکتب معتزلی بهشمي، به نام ابو عبد الله البصري را به عنوان استاد کلام معتزلی شاهد بود و زيديان بغداد به ويژه از تعاليم بهشميان بهره مند بودند. در بغداد آن دوره مکتب اخشيدي هم در ميان معتزليان البته فعال بود. اما به هر حال با درخشش مکتب بهشمي به ويژه با مساعی قاضي عبد الجبّار در ري، اين مکتب در بغداد هم از نفوذ فوق العاده ای برخوردار گرديد و شريف مرتضی چنانکه از آثار کلامی اش کاملاً پيداست نه تنها خود طرفدار مکتب بهشميان بود و از آن در برابر انتقادات مخالفان سخت دفاع می کرد؛ بلکه در برابر برخی ديگر از شاگردان شيخ مفيد، سخت از مکتب بهشمي در برابر آموزه های بغدادی استادش دفاع می کرد و پس از آن مسير کلام امامی را با گرايش به مکتب بهشمي تا قرنها تغيير داد. شيخ طوسي که خود اندک زمانی در درس شيخ مفيد شرکت کرده بود، در کلام همچون استادش شريف مرتضی به مکتب بهشمي دلبسته بود (برای شيخ طوسي و مکتب کلامی اش، نک: کتاب مشترک من و زابينه اشميتکه درباره سنت کلامی شيخ طوسي).
شريف مرتضی در کلام دو کتاب اصلی به سبک کتابهای جامع علم کلام معتزلی دارد: يکی الملخّص که آن را با نيت کتابی تفصيلی در علم کلام آغاز کرد اما بعداً آن را نيمه تمام و تنها پس از تکميل بخشهای نخستين رها کرد. او پس از آن تصميم گرفت که بخشهای باقيمانده از دومين اثرش را که در آغاز با اختصار توأم بود، يعنی کتاب الذخيرة با تفصيل بيشتری و به جای کتاب الملخص تکميل کند. گرچه اين دو کتاب در قياس با مهمترين کتابهای مکتب بهشمي در آن دوران يعنی آثار قاضي عبد الجبّار و به ويژه المغني جای خود را در کلام معتزلی پيدا نکرد و آنگونه که بايد شهرت نيافت، اما حاوی نکته های تازه و مباحثی دقيق است که هنوز مورد مطالعه و بررسی قرار نگرفته و بدين ترتيب به کلی جنبه کلامی شريف مرتضی؛ خاصه در مباحث اصلی علم کلام مانند مباحث لطيف و فلسفی آن مورد بررسی قرار نگرفته است. يکی از دلائل اين مسئله نقص نسخه های الملخص و ديگری تحولات پسينی کلام معتزلی و امامی است. معتزليان در همان دوره با مکتب ديگری در ميان خود مواجه شدند که ابو الحسين بصري، شاگرد نامدار و مهم قاضي عبد الجبّار آن را پی ريزی کرد؛ مکتبی که در برخی مسائل اصلی در برابر بهشميان قرار گرفت و بعدها محمود الملاحمي آن را در خوارزم پی گرفت. اين مکتب تا اندازه ای وضع و مرتبه مکتب بهشمي را در بغداد تغيير داد و جايگا آن را متزلزل کرد. از ديگر سو، مکتب بهشمی که بيشتر در ري و در ميان شاگردان قاضي عبد الجبّار رشد کرد، بعد از مرگ او بيشتر در ميان زيديه گسترش يافت که طبعاً چندان با آثار کلامی معتزلی اماميه آشنا نبودند و بدان اهميت لازم را جز با استثناهايی نمی دادند. وانگهی با افول مکتب اعتزال در نقاط مرکزی سرزمينهای اسلامی ديگر آن اقبال سابق به مکتب معتزلی به طور کل و مکتب بهشمي به طور خاص وجود نداشت. از ديگر سو، شيعيان امامی که تا اواخر سده ششم قمری طرفدار مکتب بهشمي و شارحان آثار کلامی شريف مرتضی (به ويژه الذخيرة و نيز در مقام شرح بر بخش کلامی جمل العلم والعمل او) بودند، به ويژه با همت سديد الدين حمّصي به مکتب معتزلی محمود الملاحمي روی آوردند و از همين رو آثار کلامی شريف مرتضی به تدريج اهميت اوليه خود را از دست داد. بعداً با مکتب خواجه نصير و فلسفی شدن علم کلام به کلی کتابهای فنّی کلامی شريف مرتضی و شيخ طوسي به حاشيه رفت و اماميه در دوره های بعدی به دليل از دست دادن اين سنت بهشمي حتی شايد توانايی لازم را برای درک آثار کلامی اين دو و شرح و بسط اين آثار از دست دادند. البته در عين حال نبايد تأثير غير مستقيم آثار کلامی شريف مرتضی را در آثار بعدی از ياد ببريم. سديد الدين حمصي در المنقذ من التقليد خود در مباحث کلی کلام و آنجا که رأی معتزليان بهشمي با معتزليان مکتب ابو الحسين بصري يکی است و در ساختار کلی کتابش به کلی تحت تأثير و حتی الفاظ آثار شريف مرتضی و خاصه کتاب الذخيرة اوست و از آنجا که کتاب حمصي در ترکيب بندی آثار کلامی امامی بعدی سهم مهمی داشته؛ با واسطه، آثار کلامی بعدی تحت تأثير آثار شريف مرتضی قرار داشته اند(برای کلام امامی در دوره پس از شيخ مفيد تا عصر علامه، نک: مقدمه من و زابينه اشميتکه بر خلاصة النظر؛ نيز نک: کتاب مشترک ما در رابطه با سنت کلامی شيخ طوسي، زير چاپ؛ نيز دنباله مقالات من درباره شريف مرتضی و اخلافش در اين مجموعه مقالات). به هر حال شريف مرتضی در آثار کلامی خود که در موضوعات فلسفی و اصلی آن نوشته کاملاً در قامت يک معتزلی بهشمي خود می نمايد؛ چنانکه فی المثل اين رويکرد و ادبيات را در امالي او به خوبی می بينيم و خود را جدای از سنت معتزلی نمی داند.
آثار کلامی شريف مرتضی و شيخ طوسي و اخلاف آنان در سنت بهشمي اگر مورد غفلت اماميه و بالتبع ديگر معتزليان قرار گرفت، اما بر عکس آنچه آن دو درباره مباحث امامت با مشی کلامی نگاشته بودند، سخت مورد اهتمام اماميه بوده و هست. مهمترين کتاب کلامی شريف مرتضی در موضوع امامت، رديه او بر بخش امامت کتاب المغني قاضي عبد الجبار است با عنوان الشافي که تلخيصی مهم از آن به وسيله شيخ طوسي فراهم شده و هر دو مکرر به چاپ رسيده است. شريف مرتضی به ويژه برای تئوری پردازی و نهادينه کردن انديشه کلامی غيبت امام دوازدهم تلاش مهمی انجام داد و چندين کتاب و رساله و مسئله به اين موضوع اختصاص داد. او البته در هر دو مورد سخت تحت تأثير استادش شيخ مفيد بود؛ اما آنچه شيخ مفيد با کمک آثار کهنتر در امامت و به ويژه آثار ابن قبه و آثار هشام بن الحکم و ديگر اماميان متقدم در زمينه تئوری پردازی معقولی از نظريه امامت شيعی فراهم کرده بود، به ويژه با همت شريف مرتضی ساختاری منظمتر يافت و به صورت منظومه ای هماهنگ در مباحث کلامی امامت و همگام با مباحث مربوط به اصول و منابع فقه و مباحثی در ارتباط با خبر واحد و اجماع و اجتهاد مطرح شد و ارائه گرديد. شيخ طوسي همان راه را دنبال کرد؛ گرچه در مباحث فقهی و اصولی تمايزهايی روشن با استادش داشت و در حقيقت برخلاف استادش راه ميانه ای ميان اصحاب اخبار و اصحاب اصول در پيش گرفت. از ديگر سو، شريف مرتضی نظريه امامت خود را به گونه ای ارائه داد که در آن زمينه های غاليانه شيعی ناديده گرفته شد و به ويژه اين به دليل مشی کلی او در رابطه با اخبار آحاد بود. شيخ طوسي در اين زمينه بيشتر تمايل به ارائه ساختاری فقهی برای اماميه بود و از اينرو نمی توانست نظر استادش را در رابطه با اخبار آحاد پذيرا شود. شريف مرتضی البته پيش از او به تنظيم مبانی و اصول فقه اماميه همت گذاشت و سعی کرد که برای اماميه "مذهب" فقهی قاعده مندی تدوين کند و البته در اين مسير راه شيخ مفيد را ادامه داده و آنرا تکميل کرده بود. با اين وصف شيخ مفيد تنها آغاز راه بود. شريف مرتضی بود که اصول فقه شيعه را تنظيم کرد؛ برای خبر واحد و اخبار مختلف فقهی چاره جويی کرد و به ويژه اصل اجماع را برای فقه امامی در شکل منظومه وار چاره جويی کرد. اينها همه در چارچوب منظر کلامی او به ديانت و شريعت و از جمله فقه بود. او آنگاه که به رد قياس و اجتهاد الرأي سنی می پردازد در واقع بيشتر در پی ارائه نظريه ای کلامی برای مذهب اماميه و صورت بندی برای آن به شيوه ای عقلی و کلامی محور است. اين در حالی است که شيخ طوسي با رويکرد تفريع فروعی و تنظيم جديد برای علاج اخبار و برای احاديث مختلف و جمع ميان اخبار، سعی در تبيينی فقه محور و با محوريت حديث برای مذهب فقهی اماميه داشت. به همين دليل، شريف مرتضی که بيشتر می کوشد با قواعد عقلی و يا اجماع اماميه کاشف از قول معصوم، مبانی فقه را تبيين کند، همتی برای تدوين آثار حديثی از خود نشان نداد؛ در حالی که شيخ طوسي دو کتاب در اخبار نوشت و راه را عملاً برای گسترش و تفريع فروع و ارائه مکتبی متکامل در فقه، همانند مکاتب فقه سني برای تشيع امامی فراهم نمود. البته پيش از دوره شيخ طوسي، زمينه ها را شيخ مفيد و شريف مرتضی با چند کار عمده برداشته بودند: نخست با تبيين مبانی اصول فقه امامی؛ دوم با تبيين منفردات اماميه و اجماعات آنان به عنوان منبع فقه؛ سه ديگر از طريق پاسخ به سؤالات و استفتائات فقهی شهرهای مختلف شيعی که به ويژه در اجوبه مسائل شريف مرتضی آنچه موجود است و يا فهرست آن در آثار متقدم (مانند فهرست بصروي) آمده حضورش کاملاً پيداست.
در زمينه دانش کلام، البته تنها نبايد به دو اثر اصلی او در اين دانش توجه نشان داد. می دانيم که او خود کتابش جمل العلم والعمل را تدريس می کرده و صورتی از مجالس درس او در شرح بخش کلامی جمل العلم والعمل همينک در اختيار است و به چاپ رسيده است. اما برای شناخت جايگاه شريف مرتضی در کلام بهشمي، تنها مراجعه به اين آثار کافی نيست: مهمترين منبع به ويژه در مسائل لطيف کلام، اجوبه مسائل شريف مرتضی است. او در شماری از اين اجوبه منحصراً و در شماری ديگر، در پاسخ به برخی پرسشها به موضوعات مهم کلامی پرداخته و جزييات قابل توجهی را مورد بحث قرار داده است؛ موضوعاتی مانند اجسام و جواهر و اعراض و صفات و خلاء و افعال و شيئيت معدوم و احوال و اعتماد و توليد و از اين قبيل مسائل. او در مواردی به رد آرای مخالفان پرداخته و يا در برخی مسائل پيچيده کلامی نظرات خود را بيان کرده است. متأسفانه شماری از اين دست اجوبه مسائل از ميان رفته و بخشی هنوز به چاپ نرسيده است. برای تدوين نظام انديشگی کلامی شريف مرتضی مراجعه به اين آثار بسيار ضروری است.