فهرست کتابها و آثار کوچک و بزرگ شيخ صدوق در منابع، بسيار بلندتر از فهرست آثار موجود اوست. نجاشي در رجال خود (ص 389 تا 392)، فهرست شايد کاملی از کتابهای شيخ صدوق به دست داده است. برخی از اين آثار همانهايی هستند که امروزه در اختيارند. اما عمده اين کتابها از ميان رفته اند. در مورد برخی کتابهای شيخ صدوق می دانيم که گرچه امروز نسخه های آن کتابها از ميان رفته است، اما روزگاری اين کتابها در اختيار بوده اند. نمونه مهم اين دست کتابها کتاب مدينة العلم شيخ صدوق و ديگر کتاب النصوص اوست. در مورد اولی به درستی می دانيم که اين کتاب تا دورانی همچنان موجود بوده، گرچه ظاهرا به دليل اهميت داشتن کتاب فقيه، چندان مورد اقبال عالمان شيعی نبوده است (نک: مثلا در کتاب کلبرگ، شماره 333)؛ شايد بدين دليل که مضامين آن چندان تفاوتی با کتاب فقيه نداشته و احاديث آن در کتاب فقيه هم نقل شده بوده است. درباره کتاب النصوص هم فی المثل می دانيم که ظاهرا همين کتاب منبع خزاز رازي قمي در کتاب کفاية الأثر ( و نيز محتملا مورد استناد دلائل الامامة) بوده است. کتاب النبوة شيخ صدوق هم از ميان رفته است، اما اين کتاب منبع اصلی کتاب قصص الأنبياء قطب راوندي بوده و چنانکه در مقاله ای ديگر نشان داده ايم، بخش عمده اين کتاب همينک قابل بازيابی است (کتاب النبوة را بر همين اساس چند سالی پيش با همکاری آقای حسين درگاهی منتشر کرديم). در ميان آثار حديثی دوران پس از شيخ صدوق تا چندين قرن بعد از آن هم گاه رواياتی در برخی کتابها ديده می شود که گرچه سند آنها به شيخ صدوق می رسد، اما اين دست روايات در آثار موجود شيخ صدوق ديده نمی شوند و معلوم است که ريشه اين روايات به کتابهای مفقود شيخ صدوق می رسد؛ نمونه اين دست روايات را می توان در کتاب بشارة المصطفی ديد اما تعداد اين دست روايات صدوق در اين نوع کتابها زياد نيست. بنابراين پرسش اين است که چرا کتابهای مفقود شيخ صدوق تا اين اندازه در آثار بعدی به طور محدود نقل شده است. درست است که تعداد محدودی از آنها جزء منابع ابن شهرآشوب (مثلا مولد فاطمة او در مناقب، 3/110 و 130 و 135؛ و الامتحان در 2/ 86؛ و مولد أمير المؤمنين، در 2/ 91؛ برای آن نک: مولد أمير المؤمنين، بازسازی های احمد پاکتچی؛ و معرفة الفضائل، در 2/ 161 و مقتل الحسين، در 3/ 214 و گویا در 3/ 239 و دلائل الأئمة ومعجزاتهم، در 3/ 353 و شايد در 3/ 311، 340، 487، 506) و ابن طاووس (نک: کتاب کلبرگ، شماره های 18، 398، 446، 474، 640، 669) نيز بوده است، اما در مورد بيشتر آثار مفقود شيخ صدوق نوعی سکوت در منابع و عدم نقل ديده می شود که پرسش بر انگيز است؛ خاصه به دليل اهميت فوق العاده شيخ صدوق در ميان عالمان شيعی. عناوين کتابهای مفقود شيخ صدوق اهميت اين آثار را از نقطه نظر شيعی نشان می دهد و بنابراين انگيزه برای نقل از آن کتابها همواره موجود بوده است. يک پاسخ می تواند اين باشد که اين آثار خيلی زود از ميان رفته بودند، بدين معنا که شايد برخی از آنها بلا فاصله پس از مرگ شيخ صدوق و به دلايل مختلف که از آنها بی خبريم از ميان رفته باشند. البته حوادث تاريخی و سياسی و از ميان بردن آثار و مآثر شيعی در حمله محمود غزنوی به ری که مدتی کوتاه پس از مرگ شيخ صدوق اتفاق افتاده می تواند يک دليل عمده دانسته شود. پاسخ ديگر می تواند اين باشد که تعدادی از اين آثار صرفا کتابهايی بوده اند که در حالت مسوده نزد مؤلف بوده اند اما هيچگاه فرصت تبييض و يا انتشار پيدا نکرده اند. درست است که در رجال نجاشي به همه اين آثار اشاره می شود و اجازه به "جميع کتب" داده می شود، اما همانطور که پيشتر هم گفته ايم اين نوع اجازات، صرفا اجازات به فهرستهای کتب بوده و نه به خود آثار، يعنی اجازه و سندی است به نويسنده اين آثار بر پايه فهرست/ فهرستهای متقدم و از جمله گاه صرفا سندی به فهرستی کوتاه که از تأليفات يک محدث وسيله همو و يا يکی از شاگردانش تدوين می شده و بعدا کسانی مانند نجاشي و يا شيخ در فهرستهای جامع خود بدان فهرست کتابها سند متصل ارائه می داده اند و نه اينکه خود نجاشي آن کتابها را تک به تک ديده باشد و يا اجازه روايت (بر اساس سماع و يا قرائت و يا حتی مناوله) را دريافت کرده باشد. در مورد اجازات به آثار شيخ صدوق در فهرستهای بغدادی مانند شيخ مفيد و غضائري و نجاشي اين مشکل هم وجود دارد که اساسا آن اجازات بر اساس اجازه ای از صدوق بوده که آن اجازه در سفر او به بغداد در نيمه های عمر شيخ صدوق و پيش از تکميل آثارش به بغداديان داده شده بوده و روشن است که آن اجازه صرفا اجازه ای کلی بوده و بعدا بغداديان و در رأس همه نجاشي فهرست کتابهای شيخ صدوق را که بعدا آن را يافته بودند به آن اجازه پيوند زده بوده و ترکيبا آن را اجازه به کتابها معرفی کرده بودند؛ بنابراين اجازه کلی شيخ صدوق به بغداديان ربطی به آثاری که اصلا بعدها شيخ صدوق نوشته بوده نداشته اما آنان می توانستند بر اساس همان اجازه، کتابهای ديگر شيخ صدوق را که در فهرست آثارش موجود بوده از همو روايت کنند. يعنی اينکه عملا اجازه به فهرست کتب به اجازه به جميع کتب و اجازه به تمام روايات نويسنده آن کتابها تبديل می شده است. در اين مورد بعد از اين در اين سلسله مقالات توضيحات کافی و شافی را خواهيم داد (برای مشکل اجازه شيخ صدوق و سفر او به بغداد و تاريخ دقيق آن، نک: مقاله ای که حدود ده سال پيش در کتاب ماه دين از نويسنده اين سطور منتشر شد با عنوان " شيخ صدوق چه هنگام به بغداد سفر کرده است؟). جالب است بدانيم که بغداديان اصولا چندان با آثار شيخ صدوق آشنايی نداشته و صرفا چند کتابی از او محل عنايت آنان بوده است. البته شيخ طوسي در اين ميان آشنايی بيشتری داشته اما به طور کلی تعداد نقلها از او در آثار شيخ مفيد و کراجکي و علمای ديگر عراق و شامات (ونه در ايران) تا يکی دو سده بعد همچنان زياد نبوده و بيشتر محدود به چند اثر فقهی و يا حديثی وی بوده که نسخه های آن چند اثر هم همگی امروزه موجودند.
يک نکته ديگر هم در اين ميان مطرح است و آن اينکه شيخ صدوق عملا بخش زيادی از احاديث کتابهای خود را در کتابهای ديگر تکرار می کرده است؛ اين نکته ای است که اندک تأملی در آثار حديثی شيخ صدوق آن را نشان می دهد، مثلا ظاهرا بيشتر روايات او در کتاب النصوص در کتاب کمال الدين نيز روايت شده بوده است و يا احاديثی که در معاني الأخبار نقل شده بعضا عينا در خصال و يا کمال الدين و يا عيون و امثال آن نقل شده بوده و يا به مناسبت، احاديثی را که در عيون نقل کرده در کتاب علل الشرايع نقل کرده است. شايد همين امر موجب آن می شد که برخی کتابهای او بدين ترتيب اهميت خود را به دليل تکرار احاديث از دست داده باشند.
اما مهمتر اينکه يک احتمال ديگر هم بايد اينجا مورد بحث قرار گيرد و آن اينکه در فهرست آثار شيخ صدوق، شماری از کتابها تنها کتابهايی هستند که وسيله شيخ صدوق در مقام گردآوری و يا روايت اصول و تصنيفات متقدم و روايت آنها گردآمده بودند، اما عملا شيخ صدوق از آن آثار و نوشته های پيشينی خود برای تدوين آثار بعدی خود استفاده کرده بوده و عملا بعدا آن آثار حديثی / فقهی اوليه را منتشر نکرده بوده است؛ خاصه اين امر در مورد تعداد زيادی از آثاری از او در فهرستی که نجاشي به دست داده صادق است که آن آثار مشتمل بر ابواب فقهی ای هستند که عملا بعدها شيخ صدوق آن ابواب را در کتاب فقيه خود آورده و شايد ديگر نيازی به انتشار نوشته ها و گردآمده های قبلی نمی ديده است و بنابراين اين آثار وسيله خود شيخ صدوق به کنار گذاشته شده بوده است (يک نمونه جالب اينکه او علاوه بر کتاب علل الشرايع، کتابی ديگر داشته به نام کتاب العلل، اما غير مبوب، پيداست که اين دومی اصل و ريشه کتاب اولی بوده است، نک: نجاشي، ص 392). اين مسئله اصولا به شيوه محدثان باز می گردد که در دوران تحصيل خود دفاتری از احاديث و اصول روايت شده از مشايخ را رونويسی و استنساخ می کرده اند و عملا آن دفاتر را می توانسته اند کتابهای حديثی خود نيز تلقی کنند، چون به هر حال روايت و گزينش آنها بوده است، اما بعدا از آن دفاتر، در "تصنيفات" خود استفاده می کرده و عملا آن اصول گردآمده چندان مورد حاجت نبوده و از اينرو خود آنها را به کناری می نهاده اند. شواهد اين مسئله به ويژه در حديث سنی کاملا تأييد شده است.
علاوه بر اينها روشن است که مهمترين آثار شيخ صدوق باقی مانده و مورد تداول بوده است، اما ظاهرا تعدادی از آنها مواردی بوده که عين روايات آن کتابها در آثار پيشينيان صدوق مانند کليني موجود بوده و شيخ صدوق صرفا در آن دسته کتابها "مستخرجی" از آن روايات (يعنی عين متنها و با سندی در آغاز متفاوت) به دست داده بوده، اما چون عملا به تدريج آن کتابها مانندکتاب الکافي کليني از تداول بيشتری برخوردار شده بوده، نقل از آن دسته آثار شيخ صدوق کم و بيش از رونق افتاده بوده است. اين عين آن اتفاقی است که در مورد آثار متقدم بر آثار شيخ صدوق نيز اتفاق افتاد، به اين ترتيب که آثار بسياری از محدثان عصور متقدم در ری، قم و بغداد (و پيش از آن کوفه) به دليل آنکه عملا آثار شيخ صدوق (و کلينی) مشتمل بر آنها بود (حال يا به صورت روايت مستقيم و يا به صورت "استخراج") مورد غفلت قرار گرفتند و نيازی به نسخه برداری از آنها ديده نشد و از اينرو از ميان رفتند، يعنی نسخه های فيزيکی آنها از ميان رفت، اما عملا محتوای آنها در کتابهای بعدی و از جمله آثار شيخ صدوق باقی ماند. به طور مثال يکی از علل از ميان رفتن آثار پدر شيخ صدوق همين بود که همه روايات او در آثار شيخ صدوق نقل شده بود و از اينرو ديگر نيازی به رونويسی از خود آثار پدر در ميان شيعيان احساس نمی شد. آنچه گفتيم نياز به توضيحات و دقتهای ديگری هم دارد که به تدريج در اين سلسله مقالات که درباره تاريخ تدوين اصول روايی شيعه امامی می نويسيم به توضيح درباره آن خواهيم پرداخت.
با اين همه تعدادی از کتابهای شيخ صدوق و از جمله پاسخهايی که به پرسشهای شيعيان نواحی مختلف داده بوده و يا کتابهای رجالی و برخی رساله هايی که از عناوين آنها پيداست که نوشته های او بوده و نه صرفا کتابهايی در دانش حديث متأسفانه از ميان رفته و هيچ گونه نقلی از آنها در کتابها ديده نمی شود. اين دست آثار اگر امروزه در اختيار بود، بی ترديد ما را به شناختی بسيار بهتر از جامعه شيعيان ری و قم و بغداد و خراسان و عقايد آنان در نيمه دوم سده چهارم رهنمون می کرد. بعيد نيست که تعدادی از آثار تأليفی شيخ صدوق که مشتمل بر آرای اعتقادی او بوده به دليل غلبه تفکر کلامی و اصولی و با سيطره تفکر متکلمان بغداد، يعنی شيخ مفيد و شريف مرتضی به غفلت سپرده شده است (کتاب المعرفة برجال البرقي که نجاشي، ص 392 از آن نام برده بنابر احتمالی که استاد گرانقدر آقای دکتر حسين مدرسي در مقدمه ميراث مکتوب شيعه ارائه داده اند، محتملا همين نسخه موجود رجال منسوب به احمد البرقي باشد).