آقا حسين خوانساري از محققان درجه اول دوران صفوی است. شرح دروس او اثری محققانه و مشتمل بر تحقيقات عميق در فقه و همچنين اصول است. او علاوه بر فقه و اصول، در کلام و به ويژه در فلسفه مشایی تخصص بالایی دارد. خوشبختانه به مناسبت کنگره خوانساری ها (آقا حسين و آقا جمال) تعدادی از آثار اين پدر و پسر منتشر شد. دانشمند بزرگوار جناب آقای استادی با همت خود شماری از اين آثار را منتشر کردند و يا در انتشار آنها مساهمت داشتند. علاوه بر حواشی مفيد او بر اشارات و شفا که تاکنون منتشر شده، تعدادی رساله ها و حواشی کوچک بر آثار فلسفی و کلامی و اصولی از او باقی مانده که بيشتر آنها تاکنون چاپ نشده و يا به صورت محققانه منتشر نشده. چه خوب است چندين رساله دکتری درباره زندگی، آثار و به ويژه آرای او در فلسفه و اصول نوشته شود. به ويژه اينکه او به سنت مشایی تعلق خاطر داشت و مشی فلسفی او با مشی ملا صدرا متفاوت است. مناظرات قلمی او با محقق سبزواری بسيار با اهميت است. درباره محقق سبزواری که او هم صاحب حواشی بر شفا و اشارات است بايد کارهای مستقلی انجام شود. تصحيح انتقادی مشارق آقا حسين هم بسيار ضروری است. دوره صفوی را بدون اين دو شخصيت نمی توان به درستی درک کرد.