در اينکه اسماعيليه فرقه ای باطن گرا بوده اند و يا دست کم گروه هایی وسيع از آنان باطنی بوده اند ترديدی وجود ندارد. شماری از غلات و مکاتب غلوگرا و گنوسيستی شيعی هم بوده اند که باطنی بوده اند. يکی از وجوه اين باطن گرایی تفسير تأويلی آيات قرآن بوده است. با اين وصف برخی محققين در حوزه شيعه شناسی بر اساس خطایی در تحليل گمان می برند تفسير برخی آيات قرآن به اهل بيت پيامبر (ص) به معنی تفسير باطنی قرآن است در حالی که در بسياری موارد نويسندگان و محدثانی که اين نوع تفاسير را در قالب روايات نقل می کردند مقصودشان چيزی جز سنت اسباب نزول نگاری نبوده (تفاسيری مانند کتاب حبري و فرات و بسياری ديگر از اين قبيل است).

وانگهی عموما این پژوهشگران به یک نکته توجه نمی کنند. باطن گرایی ويژگی عمومی شيعيان در دو سه قرن نخستین اسلامی نبوده و تنها از نیمه سده دوم و یا اندکی بعدتر این گرایش در میان شماری از گروه های شیعی که بعدها به گرایشات غلو گرایانه و یا قرمطی معروف شدند ظهور داشت. این نویسندگان بر اساس تعمیم دادن این باطنی گرایی به همه شیعیان از یک سو و ظهور اين پديده از آغاز تشيع از ديگر سو مدعی اند اساسا تشیع به دلیل اینکه گرایشی مسیح گرا در اسلام بود و از آغاز قرآن را کتابی تحريف شده و سازماندهی شده از سوی بنی اميه در راستای مسیح زدایی از قرآن می دانست به همين دليل به تفسیر باطنی از قرآن روی آوردد تا از رمز و راز قرآن که به دليل تحريف از سوی بنی اميه ایجاد شده بود از طریق تفسیر باطنی رمزگشایی کند. این در حالی است که در هيچ يک از منابع ملل و نحل و متون کلامی و اعتقادی و اسنادی که از دو قرن نخست و حتی تا نيمه سده سوم قمری باقی مانده هيچ گاه (با تأکيد) شيعيان و يا حتی رافضه به عنوان کلی به عقيده به باطن و شيوه تأويلی قرآن و باطن گرایی متهم نشده اند. همه جور اتهامی و يا نسبتی در اين متون هست الا عقيده به باطن گرایی و يا تفسير باطنی از قرآن. بنابراين به کلی اين تحليل از ظهور تشيع به عنوان دين مبتنی بر باطن گرایی ناظر به رمزگشایی از قرآن تحريف شده مطلقا درست نيست. بله گروه هایی از شيعيان مانند مغيريه به باطن گرایی منسوب و متهم شده اند اما اين ربطی به هويت عام شيعيان و يا رافضه و يا اماميه ندارد.