اين ادعا را زياد می شنويم که دوران صفوی و به ويژه نيمه دوم آن عصر ظهور اخباری گری است. اين ادعایی خطا بيش نيست. عصر صفوی دوران ظهور و قدرت گرفتن مجتهدان بود. اين را نه فقط به دليل حضور محقق کرکی و اولاد و شاگردانش در ايران و يا حضور شاگردان شهيد دوم و در مناصب حکومتی بايد گفت بلکه حتی اين گزاره در مورد نيمه دوم عصر صفوی هم صادق است. شاگردان طبقه شيخ بهایی و ميرداماد نيز عمدتا در شمار مجتهدان و اصوليان بودند. در همين دوران دوم کافی است به آقا حسين و آقا جمال خوانساری، محقق سبزواری، محقق شيرواني، فاضل سراب، فاضل هندي و شماری ديگر به عنوان مجتهدان و اصوليان مهم اين دوران اشاره کرد. سياهه نام های فقيهان اصولی در قبل از اين دوران و از ميان معاصران و طبقه بعد از ملا امين استرابادي بسيار بلندتر از اين هم است.

باری درست است که ملا محمد امين استرابادي در اوائل قرن يازدهم طريقه اخباری را بنياد نهاد اما جز عده محدودی به طريقه او دل نبستند. در اين ميان تنها فيض کاشاني و ملا خليل قزويني بيشترين حمايت را از ملا امين و آرايش ابراز کردند. در مقابل البته بسياری ملا امين و فيض را مورد انتقاد قرار می دادند (چه در ايران صفوی و چه در جبل عامل شيعی). آنچه بيشتر در مورد اخباری گری آن دوران صادق است ظهور و بروز اخباری گری در مناطق بحرين و احساء است که تا به امروز کم و بيش ادامه دارد. از ديگر سو در دوران دوم صفوي در ايران کسانی را هم داريم که به طريقه اخبار و احاديث تمايل بيشتری داشته و کم و بيش تحت تأثير ملا امين قرار داشتند. ملا محمد تقی مجلسي، علامه مجلسي و ملا طاهر قمي در اين شمار قابل ذکرند. حرّ عاملي البته بيش از آنها به طريقه ملا امين دلبسته بود. با اين وصف حتی تا آخر دوره صفوی و حمله محمود افغان به ايران همچنان کتاب های مجتهدان و اصوليان در مدارس تدريس می شد. نمونه اش را در زندگی ميرزا عبد الله تبريزی افندي ببينيد که با وجود آنکه شاگرد علامه مجلسی بود اما تحصيلات اصولی و کلامی و اجتهادی داشت. در اين ميان سيد نعمة الله جزائري گرچه گرايش اخباری واضح تری دارد اما همو هم با ملا امين تفاوت زياد دارد.

حقيقت اين است که آنچه به عنوان نزاع اصوليان و اخباريان در فقه شیعی از آن ياد می شود به دوران بعد از سقوط صفويان و به عصر وحيد بهبهاني و شيخ يوسف بحرانی در عراق (و تحت تأثير بحرين) بر می گردد. در اين دوره نزاع واقعی ميان اخباريان و اصوليان آغاز شد. در دوره صفوی گرايش حديثی در نيمه دوم اين دوران بيش از آنکه متأثر از جريان ملا امين استرابادي باشد متأثر از جريان کلی و عمومی حديث گرایی بود که در سنت مکتب شهيد دوم در ميان فقيهان مجتهد اماميه به تدريج قوت می گرفت. شهيد دوم مهمترين سهم را در توجه دوباره به حديث ومنابع حديثی و بررسی های انتقادی و اجتهادی در حديث و منابع اوليه در اين دوران عهده دار بوده است.