درباره خاستگاه تشيع در منابع تاريخی ميان منابع تاريخی، فرق شناسی و ادبيات فرق مختلف شيعی اختلاف نظر وجود دارد. محققان جديد هم در اين باره اختلاف نظر دارند. اما روشن است که ريشه اصلی تشيع به اختلافاتی باز می گردد که در هنگام تعيين جانشين (خليفه) پیامبر پس از مرگ او در سال 11ق در سقيفه بنی ساعده ميان صحابه او و به طور خاص ميان مهاجرين و از آن ميان قبيله قريش از يک سو و انصار از ديگر سو درگرفت. بنی هاشم که شامل نزديکان نَسَبی پيامبر می شدند و نيز شماری از وابستگان آنان و از جمله تعدادی از صحابه پيامبر گرايش خود را نسبت به علي بن ابي طالب، پسر عمو و داماد پيامبر برای تصدی اين مقام ابراز داشتند. اما به طور روشنتر در زمان قتل خليفه سوم و تعيين علي بن ابی طالب به عنوان خليفه چهارم بود که اختلافات ميان هواداران عثمان که مدعی خونخواهی او بودند و هواداران خليفه جديد، نخستين ظهور تشيع را رقم زد. پس از قتل علي بن ابی طالب در کوفه و به قدرت رسيدن معاوية بن ابي سفيان به عنوان نماينده امويان و هواداران عثمان، هسته ای از هواداران علي عمدتا در کوفه، مقر پيشين خلافت او به عنوان شيعه در برابر عثمانيان (يا "شيعة عثمان") همچنان ادامه حيات داد. شيعيان علي بن ابی طالب با وجود سرکوبی که از ناحيه امويان بر آنان اعمال می شد، اعتقاد خود را به خاندان پيامبر و به طور روشن فرزندان علی حفظ کردند. پس از واقعه کربلا و قتل تراژیک حسين بن علي، فرزند علی بن ابی طالب، تقابل ميان دو جامعه شيعی و اموی در کوفه شدت گرفت. پس از آن شماری از حرکتها و جنبشهای آشکار و پنهانی در کوفه و نقاط ديگر در طول دوران اموی شکل گرفت که همگی تمايلات شيعی داشتند و نماد تشيع آنان به طور مشترک وفاداری به علي بن ابی طالب و مخالفت سیاسی با امويان بود. با اين وصف به دلايل مختلف ميان اين گرايشات گوناگون اختلاف نظر بود. اين اختلاف نظرها عمدتا به پذيرش و يا عدم پذيرش رهبران جديد تشيع مربوط می شد. منابع بعدی از اين اختلافات با عنوان اختلافات فرق شيعه ياد کرده اند. تأثير پذيری از افکار و انديشه های مختلف اختلافات ميان اين گرايشات را تعميق بخشيد. در حالی که شماری از شيعيان به محمد بن حنفية، فرزند علي و برادر نا تنی حسن و حسين، فرزندان فاطمة، دختر پيامبر تمايل يافتند، گروهی ديگر متمايل بودند که وفاداری خود را به طور خاصّ به فرزندان فاطمة و نه لزوماً همه فرزندان علي بن ابي طالب ابراز و محدود کنند. در اين ميان گروهی ديگر از شيعيان با تأکيد بر حقّ عمومی بني هاشم در خلافت، با پيشنهاد پذيرش رهبری شاخه عباسی از بنی هاشم، رهبری جامعه شيعه را در فرزندان عبد الله بن عباس، پسر عموی ديگر پیامبر جستجو می کردند. گروه اخير و نيز هواداران محمد بن حنفية که با يکديگر ارتباط نيز يافتند، بيشترين فعاليت را در جامعه کوفه و برخی نقاط ديگر دنبال می کردند. اين فعاليتها بيشتر جنبه سياسی داشت اما در عين حال با ابراز پاره ای از مسائل اعتقادی گاه توأم بود. با اين وجود مشکل بتوان به تمايزی روشن ميان گرايشات مختلف شيعی در دوران امويان حکم کرد. شيعيان با همه اختلافات محدودی که داشتند، به دليل اقليت بودن و وجود سرکوب مستمر همگی خود را وابسته به يک اردوگاه حس می کردند. بنابراين تبليغات عباسيان موفق به عضو گيری در ميان طيفهای ديگر شيعی هم می شد و ميان آنان همکاری و توافق نظر زيادی وجود داشت. آنان همگی خود را به جامعه هواداران و شيعيان علي و "اهل بيت" پيامبر وابسته می دانستند. با پيروزی قيام عباسيان و تشکيل دولت عباسی به اين وضعيت خاتمه داده شد و شيعيان کوفه مرزهای روشنتری نسبت به هم پيدا کردند؛ به نحوی که بسيار زود عباسيان و هواداران ايشان از بدنه جامعه شيعی خارج شدند. اما باقيمانده وفادار به سنت هوادران محمد بن حنفية که هم اينک گرايشات زيادی ميان خود پيدا کرده بودند در کنار شيعيان هوادار فرزندان فاطمة همچنان فعال بودند و گاه با پذیرش رهبری های جدید با گروه های نوع دوم پیوند می یافتند. پيش از به قدرت رسيدن عباسيان، امام محمد باقر، نواده حسين بن علي، در جامعه شيعيان از مرجعيت مذهبی و اجتماعی بلا منازعی برخوردار گردید. اين در حالی بود که ابو هاشم فرزند محمد بن حنفية که زمانی بيشترين نفوذ را در جامعه شيعه پيدا کرده بود و انديشه "تشيع علوی" را تعميق می بخشيد، به دليل آنکه فرزندی نداشت و ميان هوادران او پس از مرگش اختلافات زيادی رخ نمود، به تدريج از تأثير گذاری کمتری در جامعه شيعه برخوردار شد. مطرح شدن امام باقر که خود در جامعه مدينه به عنوان يک دانشمند در امور حقوقی و مذهبی در ميان عامه مردم شناخته می شد، موجب شد که هواداران رهبری فرزندان فاطمة از نفوذ بيشتری در جامعه شيعه برخوردار شوند. قيام زيد بن علي، برادر امام باقر در سال 122ق در کوفه، يعنی چند سالی پس از مرگ امام باقر موجب شد که نفوذ هوادران فرزندان فاطمة در ميان جامعه شيعه بیشتر تعميق شود. اما به دليل آنکه فرزند امام باقر، يعنی امام جعفر صادق که بعدها به عنوان امام ششم شيعيان امامی مطرح شد، علاقه ای به فعاليتهای سياسی از خود بروز نمی داد و بيشتر در انديشه تربيت نسل تازه ای از شيعيان در جامعه اسلامی بود، بنابراين شاخه ای از شيعيان هوادار فرزندان فاطمة، بيشتر به تعاليم و تعهدات سياسی زيد تمايل نشان دادند. آنان به نوبه خويش، در تعميق "تشيّع فاطمی" و انديشه های امامت در کوفه تأثير بسيار زيادی گذاردند. در حالی که بخشی از شيعيان کوفه، ارتباطی با سواد اعظم جامعه اسلامی نداشتند و عقايدی ابراز می داشتند که گاه با تمايلات مذهبی نخبگان حاکم جامعه اسلامی آن روزگار اساسا بيگانه می نمود، اما به دليل آنکه زيد بن علي، به عنوان يک شخصيت دانشمند و محترم از خاندان پيامبر در ميان جامعه مذهبی کوفه نفوذ زيادی پيدا کرده بود و از قيام او نيز از سوی شخصيتهای غير شيعی نيز هواداری و حمايت شد، وی در گسترش فضای شيعی در کل جامعه کوفه تأثير زيادی گذارد و حتی شماری در میان هواداران او به سطح آمدند که تشیع آنان تنها به معنی قبول ارجحیت امام علی در امامت بعد از پیامبر و یا ارجحیت اهل بیت بر امویان در امر خلافت بدون مخالفت و انتقاد اصولی از روند خلافت پس از پیامبر بود . کوفه خود اين استعداد را داشت؛ چرا که امام علي در اين جامعه از دير باز جايگاه مهمی داشت و در ميان طبقات مختلف اهل علوم دينی و عالمان اين شهر مرجعيت او در کنار چند تنی ديگر از صحابه پذيرفته شده بود. بنابراين با اين سابقه مذهبی در کوفه خيلی طبيعی بود که طیفی وسیع با تمايلات شيعی و مخالفت سیاسی با امويان شکل بگيرد که گرچه دلبستگی به اهل بيت پيامبر داشت و شايد آرزومند موفقيت سياسی آنان نيز بود اما هيچگاه گرايشات راديکال مذهبی برخی از گرايشات تند شيعی را نمی پذيرفت و همین موجب می شد که در بدنه جامعه کوفه بتواند حضور خود را گسترش دهد؛ گرچه بخشی از این طیف جدید از تعالیم امام باقر متأثر بود و به نوعی به مرجعیت مذهبی اهل بیت باور داشت که هم در جانشینی سیاسی پیامبر معنی می داد و هم آنان را به عنوان وارث علم پیامبر و مرجع احکام شریعت قلمداد می نمود. اين دسته اخير با این وصف همچنان خود را بخشی از جامعه بزرگتر اسلامی می دانستند. به روشنی شماری از هواداران امام باقر، زيد بن علي و امام جعفر صادق و شماری ديگر از افراد شاخص خاندان اهل بيت در کوفه اين گرايش اخير را بازتاب می دادند. آنان بيش از هر چيز افراد شاخص اهل بيت را به عنوان عالمان دين قبول داشتند و البته با مخالفت آنان با امويان نيز موافق بودند. بدين ترتيب در زمان امام صادق و در آغاز دوران عباسی، کوفه سنتهای مختلف شيعی را در خود جمع می کرد. اين گرايشات مختلف هر يک به نوبه خود و به شکل و گونه ای خاص خود با اهل بيت پيامبر در مدينه مرتبط بودند و از آنان نقل حديث و روايت می کردند. در کنار گروههايی که اهل بیت را به عنوان عالمان قرآن و مسائل فقهی می شناختند، گروههای مختلف شيعی نيز بودند که تعاليم متفاوت از ايشان نقل و ضبط می کردند. در اين ميان شماری از کسانی که تمايلات سياسی آنان به تدريج با تفسيری متفاوت از دين هم تؤام می شد، به تدريج آموزه های جديدی را مبتنی بر تعاليم امامت محور از آنان نقل می کردند. امام محوری در تعاليم شيعيان اخير خود موضوع اختلاف در تفسير از شريعت و برداشت متفاوت از نقش "ائمه" نيز بود. با این وصف به ویژه در میان کسانی از اصحاب و پیروان امام جعفر صادق شماری تعاليمی را منتقل می کردند که در آنها گرايش سياسی به اهل بيت پيامبر دستمايه عقايدی بود که به تعاليم باطنی و تأويلی راه می برد. طبعا اين گرايشات باطنی که تأکيد بر پنهانی بودن تعاليم امامان و ضرورت حفظ آنها به دليل احتوای بر مطالب تأويلی و علوم ملکوتی دارد، مايه خود را از آنجا می گرفت که تشيع در دوران نخستين خود در کوفه در شرايط پنهانی مورد تبليغ قرار می گرفت و همه گونه سخن از آن در پنهانی امکانپذیر بود. به دليل فشارهای سياسی و شکستهای پياپی و نوميدی حاکم بر جامعه شيعيان، طبعا تبليغات شيعی شکل و محتوایی متناسب با تأثيرگذاری بر عامه مردم و در طبقات مختلف داشت و با هدف ايجاد تعمیق روحيه و احساس اميد به آينده و آرزوی حاکميت اهل بيت انجام می شد. با اين وصف به نظر می رسد که ريشه های فکری متفاوت در جامعه از سوی گروههايی از شيعيان منظرهای متفاوتی در جهان بينی، پيامبر شناسی و فرجام شناسی را رقم زد که بستری برای انديشه های باطنی و تأويلی بود. این گرایش در اصل متأثر بود از طیفهایی شیعی در دوره اموی که گرایشات تند شیعی را با نوعی از باورهای آخر الزمانی توأم کرده بودند. می دانیم که همه آنان بعداً جزء گروههای "غلات شيعی" قلمداد می شدند.
شماری ديگر، چنانکه گذشت بيشتر متمايل بودند تا از امامت تفسيری متناسب با تفسير عمومی اسلامی ارائه دهند و بدين ترتيب روايات فقهی برای آنان اهميت بيشتری داشت. در طول دوران امام جعفر صادق دو گرايش اخير شيعی وضعيت متمايزتری پيدا کردند. اما با اين وصف تا پايان دوران امامان (سال 260 ق) اين دو گرايش از يکديگر کاملاً گسسته نبودند و در سطح اجتماعی و کنشگری دينی و مذهبی و از لحاظ ارتباطات آموزشی با يکديگر کم و بیش مرتبط بودند؛ به طوری که به تدريج برخی صورتنبندی های "نظريه امامت" محصول دو جريان فوق الذکر و برخاسته از اين دو تفسير و البته آميخته با هم ارائه گردید. انديشه اماميه در پايان دوران امامان يعنی تا حدود سال 260 ق دستخوش تحولات مختلفی در زمينه نظريه امامت قرار گرفت و ضمن آنکه گرايشات گوناگون همديگر را گاه متهم به "غلو" و يا "تقصير" می کردند، اما عقايد آنان در داد و ستد مستمر بود، به طوری که تفکيک برخی از آن دست عقايد گاه ديگر امکان پذير نبود. آنان ديگر جامعه مستقلی را به عنوان جامعه اماميه تشکيل می دادند که مرده ريگ عقايد گرايشات مختلف شيعی کوفه (و البته در استمرار آن، بغداد و قم و ري و خراسان) در آن حضور قوی داشت.
ما به درستی نمی دانيم که از چه زمان گرایش به عدم تمایل به قبول خلافت و حتی نفی مشروعيت مذهبی حکومت دو خليفه نخست در جامعه شيعه بروز يافته بوده است. اما مسلم است که شيعيان کيسانی بيشتر در آغاز تشيع را در حد نفی و رد هواداران عثمان و پيروی از امام علي می دانستند. اما به تدريج طرح و ابراز مسئله امامت بلافصل امام علي در ميان آنان که هسته اصلی تشيع را در کوفه تشکيل می دادند، بروز يافت. با روند طرح شدن امام علی بن ابی طالب به عنوان جانشين به حق پيامبر به تدريج نفی و طرد امامت دو خليفه نخست می توانست طرح شود. به نظر می رسد که فعاليت شاخه شيعيان فاطمی برای اثبات وصايت برای امام علي پس از پيامبر فضا را برای قبول اين امر در شيعيان حتی کيسانی فراهم می کرد؛ گرچه شايد هيچگاه شماری از این گروه اخیر و شيعيان عباسی مسئله امامت بلافصل را مدّ نظر نمی داشتند. با وجود آنکه زيد بن علي و يا دست کم شماری از شيعيان هوادار او از وصايت و نوعی انتصاب امام علي از سوی پيامبر(که بعدها از آن تفسيرهای متفاوتی مانند "نص خفی" و يا در ميان اماميه به عنوان "نص جلي" شد) دفاع می کردند، اما منابع ما ادعا می کنند که او و برخی ديگر از شيعيان هوادار او ابدا اظهار دشمنی با دو خليفه نخست نمی کرده اند و هواداران اين نظر را "رافضه" (رافضه عقايد زيد بن علي) می خوانده اند؛ اما به نظر می رسد مصادیق این گزارش با دقت نقل نشده است. به هر حال رافضه زان پس هسته اصلی تشيع امامی را ايجاد کرد؛ گرچه مدتها طول کشيد تا آنان به عنوان اماميه خوانده شوند (احتمالا کم و بيش از حدود اوائل نيمه دوم سده سوم). همه هواداران زيد در اين مسئله همفکر و هماهنگ نبودند و بستگی داشت به ريشه آنان و ميزان تبعيت از ديگر رهبران جامعه شيعه در مفهوم بزرگ آن در اين زمينه که گاه با طيفهای تشکيل دهنده و هسته های اوليه اماميه همراه و همرأی بودند. در سنتهای حديث شيعی کوفه که به ويژه به وسيله زيديان روايت می شود، نخستين مواد و نشانه هایی ديده می شود که در آنها مفاهيم شيعی درباره امامت با ابعاد رفضی گری آن رو به گسترش بوده است. اين دوران درست برابر با دوران امام صادق بوده است. شاخه شيعيان هوادار زيد، مانند ابو الجارود، ابو خالد واسطي و امثال آن دو که در جامعه شيعه کوفه زياد هم بوده اند ميراث زيد، محمد بن عبدالله نفس زکيه و ديگر افراد شاخص اهل بيت را همراه با رواياتی که برخی از آنها از امام صادق می پذيرفتند و منتقل می کردند به آنچه از پيشتر از امام باقر در اختيار داشتند، افزودند و به تدريج در دوران امام صادق و اندکی بعد در دوران امام موسی بن جعفر کتابها و متنهایی روایی تنظيم شد که امامت اهل بيت و مسئله "نصّ" (با تفاسیر متنوع و اولیه آن و نه لزوماً به معنی امامی متأخر این مفهوک کلامی و اصولی)، وصيّت امام علي و افضليت او را در ميان صحابه، به طور گسترده ای روايت و تبليغ می کرد. اما در دوران امام صادق و به ويژه در دوران دوم آن امام به وضوح ميان دو شاخه حسنی و حسينی فاصله افتاده بود. شاخه حسنی مشی زيد بن علي را در ميان شاخه حسينی قبول داشتند و ایده آن را گسترش می دادند؛ ظاهراً به دليل مشی انقلابی زيد و نيز به دليل اينکه زيد بن علي در انديشه سياسی خود اولويت ويژه ای را در امامت طبقه خاصی (و شاید حتی از غیر اهل بیت) توصيه نمی کرده است.
اصولاً توجه به اين نکته مهم است که موضع مثبت طيفهای مختلف شيعيان نسبت به امامت امام علي بن ابي طالب و در رابطه با دو فرزندش، امامان حسن و حسين و پذيرش رهبری برخی از افراد خاندان پيامبر لزوماً به معنی پذيرش انديشه ای سياسی و نظريه پروری در اين زمينه و از آن ميان منحصر دانستن امامت و خلافت در خاندان پيامبر و در يک و يا چند شاخه مختلف آن نبود. برخی از طيفهای شيعيان اوليه البته تنها حق خلافت پيامبر را در خاندان او و يا به طور عامتر در بنی هاشم می دانستند؛ اما در مورد برخی ديگر مقابله با بنی اميه و "دعوت" به نوعی حکومت که در آن نحوه انتخاب خليفه اهميت داشت موضوعات مهمتری برای گفتگو و بحث بود. دعوت به پذيرش امامت و يا رهبری و يا حتی "رضا" به شخصی از آل محمد نيز ضرورتاً به معنی پذيرش نظريه ای درباره حقّ انحصاری آنان در خلافت نبود و تنها به تدريج بود که نسل فاطمی بودن و يا دعوت به "قائمی" از آل محمد و نظریاتی مشابه ابراز و مورد بحث برخی از این طیف ها قرار گرفت.
در اواخر سده دوم و اوائل سده سوم قمری، با وجود اختلافاتی که ميان دو جامعه امامی و زيدی وجود داشت، اما با اين وصف شماری از راويان شيعی به ميراث مشترک دوره متقدم شيعيان به يک نسبت ابراز وفاداری می کردند. البته به طور کلی تقریبا از زمان اواخر امامت امام نهم شیعه امامی و اندکی بعد از آن توجه اماميه عمدتاً تنها به ميراث حديثی خود جلب شد و فاصله با جامعه زيدی شکل ملموس تری پيدا کرد. البته زمانی که در سده پنجم کتابهای حديثی و يا رجالی نوشته می شد، هنوز شماری از ادبيات مشترک و حتی ادبيات زيدی در جزء ميراث مشترک شيعی مقبول قرار گرفت و زان پس تاکنون در کتابهای حديثی روايت می شود.