از آثار بسيار برجسته شيخ طوسي، کتاب تمهيد الاصول وی که در شرح بخش کلامی اثر استادش شريف مرتضی با عنوان جمل العلم والعمل است، نيازمند انتشاری دوباره است. علاوه بر آنکه اين متن به صورت بسيار نا شايسته ای منتشر شده، در آن از همه نسخه های خطی بهره گرفته نشده است. نويسنده اين سطور البته عجالتا تحقيقی درباره کم و کيف نسخه های خطی اين کتاب انجام نداده است، اما می دانم که نسخه کهنه ای از آن در آستان قدس هست. در تحقيق اين متن مناسب است که متون کلامی ديگر و از آن جمله آثاری که به تبع آن و به تبع دو کتاب الملخص و الذخيرة استادش شريف مرتضی نوشته شده اند، مورد دقت قرار گيرند. تا چند قرن، و حتی تا دوره محمود حمصي رازي (و اندکی بعد از او) که در برخی گرايشات، نظر شريف مرتضی و شيخ طوسي را نپذيرفته و آشکارا نظر مکتب کلامی ابو الحسين بصري معتزلی را پذيرا شده است، کتابهای کلامی تحت تأثير آثار کلامی شريف مرتضی و شيخ طوسي بوده اند و در پاره ای از انظار، نظر بهشميان را که مورد تأييد شريف مرتضی بوده است، پذيرفته اند. البته شيخ طوسي در پاره ای از مسائل کلامی نظر استادش را نمی پذيرد. برای نوشتن تحليلی از انديشه های کلامی شيخ طوسي انتشار اين متن به صورت محققانه البته مفيد است. متأسفانه برخی آثار مهمتر شيخ طوسي در حوزه کلام از ميان رفته اند و بايد به همين کتاب و نيز الاقتصاد و چند رساله مختصر او خود را محدود کرد.
درباره تصحيح الفهرست شيخ طوسي، خوشبختانه کار بزرگ و محققانه محقق طباطبايي هم اينک در اختيار ماست. اما متأسفانه آن کار قبل از اتمام کار آن به سبب ضايعه درگذشت آن مرحوم، نيمه کاره ماند. محقق طباطبايي آن گونه که خود ايشان به نويسنده اين سطور خاطر نشان کردند، در دو نوبت به مقابله نسخه های خطی الفهرست مبادرت کرده بودند: دستآمد نوبت اول ضبط اختلافات الفهرست چاپ نجف با شماری از نسخه های کهن و مهم اين کتاب بود که در دو نسخه چاپی اين کتاب ثبت شده بود. بار ديگر به دليل پيشامدی ناخواسته، ايشان ناچار می شوند که ضمن استنساخ يکی از اين نسخه ها اختلافات آن نسخه را با نسخ ديگر تا آنجا که در اختيار داشته اند و با بهره گيری از تجارب و نتايج دور نخست، ثبت کنند؛ گو اينکه در دور دوم به دليل وجود برخی از آن نسخه ها در کتابخانه های عراق، به همه آن نسخه ها دسترسی نداشته اند. آنچه که به عنوان تحقيق جديد متن الفهرست پس از درگذشت محقق طباطبايي منتشر گرديد، حاصل کار نوبت دوم بود که شايد می توانست با مراجعه به آن دو نسخه چاپی محشی به اختلافات نسخه های خطی که حاصل نوبت اول بود، به صورت کاملتری عرضه شود. محقق طباطبايي در زمان حياتشان تنها موفق شدند نسخه ای از الفهرست را آماده کنند که با نسخ بسيار مهم ديگر مقابله شده بود و همواره نيز به ويژه در اواخر عمرشان تأکيد داشتند که اين کار دست کم نيازمند يک سال کار فشرده ديگر است تا از ميان نسخه بدلها، اصح نسخ الفهرست سامان دهی شود. ايشان همچنين اين نيت را داشتند که بر پاره ای از مطالب الفهرست، تعليقاتی را بسان تعليقات بر الفهرست منتجب الدين ارائه دهند و عملا هم در پاره ای موارد نکاتی را به صورت اوليه يادداشت کرده بودند. صد افسوس که آن مرحوم فرصت نيافتند تا نتيجه چند سال مقابله نسخ مختلف الفهرست که برخی از آنها را در کتابخانه های عراق يافته بودند و با دقتی تمام سامان گرفته بود را در متنی منقح آن طور که خود نيت انجام آن را داشتند، به سامان برسانند. بنابراين آنچه از الفهرست شيخ طوسي همينک به کوشش محقق طباطبايي منتشر شده است، تنها نماينده نيمه نخست تلاش آن مرحوم است؛ و به عبارتی ديگر بخش مقابله نسخه ها. تصحيح نهايی متن و اختيار اصح نسخ و تعيين دقيق اشتباهات نسخه ها به همراه توضيح پاره ای از مشکلات متن، چيزی است که ايشان نيت انجام آن را داشتند و هزار حيف و افسوس که قضای محتوم مانع از انجام اين نيت شد. همين چند مورد حواشی محقق طباطبايي بر چند مورد از عبارات الفهرست نشان از عمق اطلاع و وسعت دقت نظر آن مرحوم در دانش رجال دارد. در حقيقت پاره ای از آن يادداشتها برخاسته از اطلاع عميق و کم نظير محقق طباطبايي در شناخت رجال حديث شيعه و اهل سنت هر دو بود. عموما چنين است که آگاهان بر دانش رجال شيعی اطلاعی وسيع از رجال حديث اهل سنت ندارند و همين امر گاهی مشکلاتی در تحقيقات آنان را فراهم می کند. محقق طباطبايي از آن دسته محققان بلند پايه ای بود که همسان دستی قوی در هر دو زمينه داشت و همين امر کار او را متمايز می کرد.